Ключ до шифру вручали безпосередньо тій особі, з ким належало листуватися. Проте частини ключа могли пересилатися з нарочними. Для цього їх упаковували в конверт, який опечатувався декількома сургучними печатками. На конверті іноді писалося ім'я нарочного. Так, у 1709 році Я. У. Полонському було доручено стежити за рухом війська бобруйського старости та не допускати його до з'єднання з корпусом шведського генерала Крассау. Полонський був зобов'язаний застосовувати шифр. «При этом посылаем к Вам ключ, – писав Петро, – и ежели сей посланный здорово с ним поедет, и о том к нам отпиши, дабы мы впредь нужные письма могли тем ключем писать и посылать».
Повідомлення кореспондентів, отримані КЗС, читалися секретарями експедиції при отриманні їх з пошти, написані шифром розбиралися ними або підпорядкованими ним нотаріусом-реєстратором, канцеляристом і копіїстами. Після цього секретарі були зобов'язані, якщо президента і віце-президента в КЗС не було, посилати ці реляції до них додому, а під час засідань КЗС про них доповідати, записувати резолюції, що накладалися на них, і складати у відповідь рескрипти.
Ці рескрипти прочитувалися на наступному засіданні, причому, згідно з наказом від 5 квітня 1716 року, і чорнові їх списки, і переписані начисто підписувалися всіма членами КЗС та скріплялися секретарем. Потім текст рескрипту зашифровувався та направлявся у відповідну адресу з кур'єром. Вся робота КЗС була строго регламентована. Вхід в апартаменти КЗС дозволявся тільки особам, що там служили. Інструкція від 11 квітня 1720 року, в якій було встановлено побудову КЗС, закінчувалася приписом, як зберігати державні печатки і «цифирные азбуки».
Для збереження листа в таємниці застосовувалися відповідні охоронні заходи. Так, лист Петра I до Огильві від 17 лютого 1706 року супроводжувався таким записом: «Февраля в 17 день цыфирью Реновою. А посланы в 22 день; замешкались за тем, что азбуку переписывали и в пуговицу вделывали. Посланы с маером Вейром».
Посилалися в КЗС такі азбуки в конвертах, які опечатувалися червоними сургучними печатками, однак не державними, а особистими відправників. Пересилали шифри досить часто, адже термін їх дії був обмежений і документи, що вийшли з дії, направлялися в КЗС.
Постійно шифроване листування здійснювалося з дипломатичними представниками Росії за кордоном, зокрема: при віденському дворі – Голіциним, Урбіхом, Беклемішевим, Веселовським; при прусському дворі – з Льотом, а потім