Царь опечалился смертью брата; начато было следствие, чтобы разведать дело; и митрополит Крутицкий был отправлен для погребения царевича, тело которого нашли лежащим в соборе и еще обагренным кровью. Люди, присланные для розыска, признали и подписали, что царевич, страдавший падучей болезнью, сам закололся в припадке недуга. Но мало кто поверил этому, и в городе не умолкала молва, что Борис умертвил царевича, чтобы открыть себе дорогу к престолу. За розыском о смерти царевича последовали наказания виновных. Братья царицы Марии Феодоровны после пытки были разосланы по разным городам и заключены в темницы за небрежение; сама несчастная мать была пострижена в инокини и отправлена в Горицкий монастырь близ Белаозера; около двухсот человек, виновных в мятеже и убиении Битяговских и Качалова, были казнены; множество жителей Углича заключено в темницы и сослано в Сибирь. Даже набатный колокол собора был отправлен в Тобольск. Углич опустел и навсегда потерял прежнее значение свое.
Если справедливы подозрения по поводу Бориса Годунова, то убийство повело к желанной цели. После смерти бездетного Феодора он был возведен на престол в 1598 году; но через несколько лет суд Божий постиг его. Вдруг пронеслась по России весть, что Димитрий не убит, что вместо него убит другой отрок, что он спасся и что теперь, став взрослым, он скоро потребует от Бориса отцовского престола. Смутился царь, народ заволновался; в 1604 году уже слышно было, что Димитрий идет на Москву с сильной ратью, что украинские города один за другим отворили ему ворота, что поляки помогают ему. Царь Борис, встревоженный вестью, велел по церквам провозглашать вечную память царевичу Димитрию и проклинать Лжедмитрия; но волнения все усиливались; в полках распространилось сомнение; некоторые служители Бориса, на которых он надеялся, изменили ему и присягнули самозванцу. Борис, волнуемый и тревожимый событиями, а может быть, и голосом совести, внезапно скончался в 1605 году, как бы сраженный тенью царевича Димитрия. Народ присягнул сыну Бориса, Феодору, но недолго он был царем; самозванец подходил к Москве; враги Годунова возбудили мятеж, задушили Феодора с матерью, и Лжедмитрий торжественно вступил в Москву и воссел на царский престол как сын Иоанна Грозного.
Кто же был этот самозванец, которого имя грозило Борису? Беглый монах, Гришка Отрепьев, вздумал выдать себя за наследника российского престола, из Москвы бежал в Польшу, а там объявил, что он сын Иоанна Грозного, и просил помощи у поляков. Конечно, ни король, ни воеводы, ни народ в Польше не поверили этой сказке, но поляки рады