В 1944 г. Университет вернулся в Ленинград. Но В.Я. Проппу был запрещен въезд в родной город как немцу, хотя и обрусевшему. У него был отобран паспорт, пишет И. П. Лупанова, и лишь ходатайство ректора А.А. Вознесенского спасло его от ареста [Лупанова: 398].
В. Я. Пропп продолжил работу в ЛГУ, одновременно работая по совместительству в ИРЛИ. В конце 1940-х годах его увольняют из Академии наук.
Причина увольнения В. Я. Проппа из Академии наук – выход в свет в 1946 г. его второй книги «Исторические корни волшебной сказки» (хотя написана она была значительно раньше: в 1939 г. Владимир Яковлевич защитил докторскую диссертацию по рукописи этой монографии). Свою задачу автор кратко сформулировал на первых страницах книги: «Мы хотим <…> найти историческую базу, вызвавшую к жизни волшебную сказку» [Пропп 1946: 5]. В. Я. Пропп рассматривал свою вторую книгу как логическое продолжение первой. Определив волшебную сказку и выявив ее единство через композицию, он приходит к выводу, что причина единства кроется в области ранней истории, т. е. ступени развития человеческого общества, которую изучают этнография и этнология. В 1966 г., отвечая К. Леви-Строссу на обвинение в формализме, которое он категорически отвергал, В.Я. Пропп пишет в статье: «“Морфология” и “Исторические корни” представляют собой как бы две части или два тома одного большого труда. Второй прямо вытекает из первого, первый есть предпосылка второго <…>. Я, по возможности строго методически и последовательно, перехожу от научного описания явлений и фактов к объяснению их исторических причин» [Пропп 1998: 214].
Но в 1940-е года эта книга вызвала яростную критику и обвинения в антимарксизме, идеализме и протаскивании религиозных идей, а также приверженности буржуазным традициям. Огромную рецензию, зловеще озаглавленную «Против буржуазных традиций в фольклористике (о книге проф. В.Я. Проппа “Исторические корни волшебной сказки”)» публикует «Советская этнография» (1948, № 2). Авторы И. Дмитраков и М. Кузнецов в своей рецензии прежде всего «громят» основные теоретические положения статьи В.Я. Проппа «Специфика фольклора» за «мистику», «извращение и фальсификацию истинной картины общественных отношений», за то, что в своей работе он опирался «не на великого теоретика фольклора А. М. Горького, а на буржуазных ученых-идеалистов» и т. д.; затем обрушиваются на монографию ученого, утверждая, что исследование имеет «откровенно-формалистический характер» (с. 230–239).
В течение февраля 1948 г. в Институте этнографии АН СССР были проведены заседания, посвященные обсуждению «недостатков и задач современной фольклористики». Критике были подвергнуты работы В.Я. Проппа, П.Т. Богатырева и теоретические положения трудов А.Н. Веселовского. 9 февраля на заседании выступил