Корабельщики между тем так рассуждали между собой: «Верно, это бедствие послано в наказание кому-нибудь из нас. Бросим жребий, чтобы узнать, кто из нас грешный человек, прогневавший Бога». Они это сделали, и жребий пал на Иону. Тогда они, подойдя к нему, стали у него расспрашивать: кто он, откуда, какому Богу служит и чем согрешил перед Ним. Иона отвечал им: «Я раб Господень и почитаю Бога Небесного, сотворившего море и сушу, и согрешил перед Ним, и ныне бегу от лица Его». Затем он сказал им: «Возьмите меня и бросьте в море, и утихнет волнение, ибо ради меня послана эта буря». Моряки, видя невозможность бороться против бури, ввергли Иону в море, и после этого тотчас же настала тишина.
Между тем Иону, брошенного в море, проглотила огромная рыба, которая называется китом. Иона по воле Божией оставался жив во чреве китовом три дня и три ночи и с сокрушением сердечным взывал к Богу о помиловании. Господь сжалился над ним, и кит через три дня выбросил его живого на берег. Иона стал молиться и благодарить Бога и вновь услышал глас Господень, говоривший ему: «Иди в Ниневию и там проповедуй, как Я тебе повелел, и возвести жителям Мою волю». Иона немедленно отправился в Ниневию. Придя туда, он целый день ходил по улицам города, возвещая жителям, что за грехи их через три дня Ниневия будет разрушена.
Ниневитяне поверили словам пророка и, устрашившись, стали каяться в грехах своих. Сам царь сошел с престола, снял с себя пышное царское одеяние и, одевшись бедно, наложил на себя и на всех жителей пост; и все целых три дня молились с сокрушением и смирением, каясь в грехах и обещая исправление. Бог, видя их скорбь и покаяние, смилостивился над ними и, по неизреченной милости Своей, даровал ниневитянам прощение.
Иона между тем, пробыв в Ниневии три дня, вышел из города и, поселившись недалеко на горе, ждал, что будет с Ниневией. Но, видя, что срок, предсказанный им, прошел и что Ниневия не разрушена, он опечалился; опасаясь, что его станут теперь считать за лживого пророка, он стал роптать на Бога и говорил: «Не оттого ли, Боже, я опасался возвещать волю Твою, что знал, как Ты щедр, долготерпелив и многомилостив и что покаяния ради Ты прощаешь грехи и отвращаешь гнев Твой; теперь прими душу мою: лучше мне умереть, нежели жить».
Место, где находился Иона, было открытое, и его сильно палило солнце.