В 1901 году на Победоносцева было совершено неудачное покушение, тогда же Победоносцев решительно выступил против реформы церковного управления, расширения веротерпимости, созыва поместного собора. В октябре 1905 года, после издания Манифеста 17 октября 1905 г., Победоносцев вышел в отставку, с оставлением в должностях члена Госсовета, статс-секретаря и сенатора. Он автор многочисленных произведений по юридической, церковной, педагогической и общественно-политической проблематике, и двух переводов. Кавалер многочисленных орденов, том числе Андрея Первозванного с алмазными знаками к ордену, Александра Невского, тоже с алмазными знаками, Владимира 1-й степени.
Победоносцев считал, что церковь и вера – основы государства: «Государство не может быть представителем одних материальных интересов общества; в таком случае оно само себя лишило бы духовной силы и отрешилось бы от духовного единения с народом. Государство тем сильнее и тем более имеет значения, чем явственнее в нем обозначается представительство духовное. Только под этим условием поддерживается и укрепляется в среде народной и в гражданской жизни чувство законности, уважение к закону и доверие к государственной власти. …Вот почему мы видим, что политические партии самые враждебные общественному порядку партии, радикально отрицающие государство, провозглашают впереди всего, что религия есть одно лишь личное, частное дело, один лишь личный и частный интерес». В 1896 году выходит «Московский сборник» К. П. Победоносцева, который был переведен на многие иностранные языки. В нем Победоносцев подверг критике основные устои западноевропейской культуры и принципы государственного устройства, видя основные пороки в «народовластии и парламентаризме», ибо они «родят великую смуту». Главными пороками западноевропейской культуры, по его воззрению, являются рационализм и вера в добрую природу человека. Первый отдает человека во власть логического вывода и обобщений, имеющих значение и силу в действительности лишь постольку, поскольку верны жизненные факты, лежащие в основании посылок; вторая приводит к идее народовластия и парламентаризма – «великой лжи нашего времени» Взятые вместе, оба фактора производят крайнюю смуту во всем строе европейского общества, поражая и «русские безумные головы». Понятия «свободы прессы», «парламентаризма», «конституционного строя», «народовластия», «общественного мнения» Победоносцев считал лживыми иллюзиями, погубившими Запад и губящими Россию.
Всеобщие выборы, по его мнению, не только рождают продажных политиканов, но и понижают нравственный и умственный уровень управленческих слоев – аристократии.
Историк Г. Флоровский писал о его характере: «Есть что-то призрачное и загадочное во всем духовном образе Победоносцева. …Он был очень скрытен, в словах и в действиях, и в его «пергаментных речах» было трудно расслышать его подлинный голос. Он всегда говорил точно за кого-то другого, укрывался в условном благозвучии и благообразии