В свою очередь, русская церковь пошла на уступки государственной власти. Раньше владельцы поместий могли завещать свои земли монастырям. Таким образом, монастыри расширяли свои владения, а у государства иссякал земельный фонд для наделения новых бояр и дворян, желавших служить царю. Теперь каждое боярское пожалование монастырю подлежало обязательному утверждению царём, который часто его не давал. Кроме того, отныне церковь должна была платить государству своеобразный налог, так называемые «полоняные деньги», под благовидным предлогом, якобы для выкупа христианских невольников из турецкого или татарского плена. Это также очередное свидетельство усиления зависимого положения церкви от самодержавного государства.
Для поднятия авторитета Русской православной церкви и дистанцирования её от Константинопольского патриархата на соборе 1551 г. были провозглашены 38 новых русских святых и упорядочена внутренняя организационная структура церкви.
Такая попытка решения стоящих перед государством проблем при опоре на исконно русские идеалы и ценности принесла свои плоды. В 1552-1556 гг. были завоёваны Казанское и Астраханское ханства, нанесён удар по Крымскому ханству и Ногайской Орде. Удачным для Московской Руси стал первый период Ливонской войны (1558-1583 гг.), до 1564 г., когда русские войска заняли почти всё Балтийское побережье.
Однако вскоре Иван IV круто повернул от политики реформ к опричнине, явившейся торжеством самого необузданного деспотизма. Опричнина продолжалась более семи лет (с декабря 1564 г. по сентябрь 1572 г.). Каковы бы ни были побудительные мотивы у Ивана IV для проведения такой политики, суть её заключалась в окончательном торжестве азиатско-византийского начала над остатками былых русских вольностей в виде соборно-вечевого уклада и органов местного самоуправления. Особый интерес вызывает первый в истории страны факт использования некоторых европейских политических форм для утверждения азиатского деспотизма. Ведь быт и устройство опричного войска очень напоминали уклад ближайшего к Московскому царству Ливонского духовно-рыцарского ордена. Вступавшие в состав опричного войска тоже отрекались от своих родных и близких, давали клятву посвятить остаток жизни борьбе за торжество избранного идеала. Существовала в опричном войске и особая атрибутика в виде чёрной одежды, а также метлы и собачьей головы, притороченных к седлу лошади. Метла означала стремление вымести всех врагов царя, а собачья голова – выгрызть всю измену. Также по примеру рыцарей Ливонского ордена опричники были наполовину воинами, наполовину монахами. Александровская слобода, где располагался своего рода командный штаб опричного войска, напоминала монастырскую слободу. Сам царь велел именовать себя игуменом, его любимый палач Малюта Скуратов носил звание келаря, другие видные опричники тоже