Объективные причины и наводнения не позволяли ускорить строительство гаваней, и Петр, не скрывавший своей нетерпеливости, передал все руководство этими работами под начало сенатора М.М. Самарина, при этом строго наказывая ему: «Ведать и надсматривать дело гаванное, чтоб, кроме боль-верков, сей зимы кончено, в чем неусыпно радеть и делать и понуждать, чтоб конечно было сделано, несмотря ни на кого делать прямо под потерянием живота». С приходом М.М. Самарина работы пошли более организованно и немного быстрее. Но перебои в поступлении денежных средств и периодическая нехватка лесоматериалов сдерживали ход работ.
Необходимо отметить, что Петр I, строго оберегавший леса и сам посадивший огромное количество деревьев, своими указами ограничивал вырубку лесов в окрестностях Петербурга. Однако ради скорейшего окончания гаваней ему пришлось решиться на крайнюю меру – в 1719 и 1721 гг. он издавал указы, по которым «велено лес, где годный к тому сыщется, рубить и гавань достраивать».
Начиная с весны 1719 г. и почти до конца навигации на отдельных готовых участках гаваней стали устанавливать пушки. 27 января 1720 г. Петр, находясь на Котлине, приказал М.М. Самарину строить в гавани западную Купеческую стенку, а существующую старую стенку разобрать и оградить ею Лесную гавань от берега до угла Военной гавани.
Чистовая отделка последней гавани – Военной – завершилась в 1723 г., и ее полное вооружение составили 72 орудия. Под стать этой мощной гавани более активно продолжилось оборудование гаваней для приема и обслуживания военных и торговых кораблей. Однако деревянные гавани и молы в условиях балтийских штормов да и просто со временем требовали ремонта и частичного восстановления. Эти работы продолжалась вплоть до строительства гранитных гаваней, но деревянные молы этих гаваней будут сопутствовать им на всем протяжении их существования.
Строительство в начальный период велось «нарядом рабочих от губерний» на основании изданного в январе 1712 г. сенатского указа, в котором говорилось: «Для строения на Котлине фортеции и жилья положить на все губернии ныне 3000 человек, чтобы губернаторов держали по два безсменных надзирателя и работу начали в это лето». Но людей постоянно не хватало, и К. Крюйс неоднократно писал об этом, отмечая, в частности, что рабочие уже два месяца соли не получали.
Одновременно началась усиленная постройка казарм для сухопутных и морских команд. Лес готовили на «Дудоровой стороне», то есть на южном берегу Финского залива. Строить надо было как можно скорее, так как больных «из гарнизона и рабочих было 500 чел.»