На следствии его, по-видимому, пытали, в частности, лишением сна. Так полагал П.А. Кропоткин, слышавший об этом от одного офицера.
Суд приговорил Каракозова к повешению. На его прошении о помиловании Александр II наложил резолюцию: «Лично в душе моей давно простил ему, но как представитель Верховной власти, я не считаю себя в праве прощения подобного преступника».
Каракозова казнили при огромном стечении народа 3 сентября 1866 года на Смоленском поле в Петербурге, на краю Васильевского острова.
Ишутина арестовали по тому же делу и судили, приговорив к смертной казни как «зачинщика замыслов о цареубийстве». На следующий день после казни его двоюродного брата на то же лобное место с виселицей доставили под конвоем Николая Ишутина. Подержав его у позорного столба, надели на него саван, накинули на шею петлю.
В последний момент, как бывало не раз, подъехал фельдъегерь и привез пакет с царским помилованием. Испытание страхом смерти не прошло для него даром. В Шлиссельбургской крепости он стал проявлять признаки психического расстройства. Его отправили в Сибирь на пожизненные каторжные работы. После ареста он прожил всего 7 лет, не дотянув до сорокалетнего возраста.
Возможно, помилование он получил за то, что выдал участников своей тайной «Организации». Во всяком случае, всех их арестовали и судили. Один из них, Дмитрий Юрасов (1842–1918), на следственной комиссии показал, что после появления плана особо тайного кружка «Ад», некоторые члены «Организации» высказались против, и осуществление этого адского плана постоянно откладывали. «Когда же Каракозов, – сказал Юрасов, – сообщил кому-то из живущих со мной о своем преступном намерении и пропал из Москвы, тогда сделалось ясно, что словами нельзя шутить!» (Юрасова приговорили к бессрочной каторге, сокращенной до 10 лет.)
Покушение Каракозова стало триумфом Осипа Ивановича Комиссарова (1838–1892). Этот московский мастеровой из крестьян был возведен в дворянское достоинство и награжден деньгами как спасший жизнь императора. Хотя уже тогда высказывались резонные сомнения в этой официальной версии, более всего похожей на ловкий пропагандистский прием.
Действительно, если Осип Комиссаров толкнул Каракозова, помешав ему сделать прицельный выстрел, то почему не схватил преступника за руку? Почему не задержал его на месте преступления? Или если опешил, почему тотчас не бросился за ним вдогонку?
Промах Каракозова проще всего объяснить тем, что он не умел хорошо стрелять и вдобавок сильно волновался. Даже хладнокровный убийца без предварительных тренировок имеет мало шансов попасть навскидку в движущуюся цель с расстояния в 20–30 м. А тут вовсе не хладнокровный убийца, а нервная неуравновешенная личность, и не мишень, а человек.
Судьбоносным