Экзамен на звание корабельного мастера Афанасьев сдал давно. Но вакансия в Петербурге все не появлялась. Вдруг весной 1778 года предложили ему быть главным строителем судна, однако очень далеко, на верфи в устье Днепра. Там правительство намеревалось возводить в урочище у земляного укрепления Александр-шанц новый город под названием «Херсон», с крепостью и Адмиралтейством. Афанасьев согласился. В день оглашения царского указа о Херсоне, 25 июля 1778 года, он уже находился на месте, при закладке верфи.
Корабль заложили позже. Строить его решили по чертежам фрегата «Гермес», спущенного на воду в Санкт-Петербурге тремя годами раньше. В целях экономии и для ускорения дела проект чуть-чуть переработали. Херсонский фрегат стал короче, легче, с меньшим числом орудий. Афанасьев работал на «Гермесе» десятником и его особенности хорошо знал.
Однако расстояние от красиво вычерченных проекций и планов до настоящего корабля, что рос в степи, у кромки речного залива, было огромным. Очень тосковал Афанасьев и по родному городу. Особенно когда из степей начинал дуть на лиман свирепый осенний ветер. Пыль вставала, как облако. Тогда коренному петербуржцу и потомственному корабелу все вокруг казалось миражом: и фрегат, и верфь, и мастерские, недавно возведенные тут из песка и глины.
Афанасьев вспоминал, что живет он и работает в чужой стороне один-одинешенек.
Нет у него советчиков, нет у него знающих помощников. Ему и отвечать за все, если что случится. В такие минуты вновь назначенному главному строителю бывало очень страшно.
Внеурочный приезд Потемкина и присутствие молодой красивой женщины совсем выбили его из колеи. Афанасьев разговорился. Но говорить Иван Семенович мог только о своем фрегате. Многое наболело у него на сердце, и для очистки совести решил он посвятить высокое начальство в такие проблемы, о каких прежде Светлейший князь и слыхом не слыхивал.
Для затравки он повел Потемкина к носу фрегата, задранному вверх, и сказал, что дерево бушприта до конца не просушено и оттого в скором времени может обломиться, а лисель-индигет здесь вообще сделан из ольхи, хотя лучший материал для него – дуб.
Естественно, Светлейший ничего в этих объяснениях не понял, но изменился в лице. Его любимому детищу грозили какие-то напасти, а он и не подозревал о них. Афанасьев, довольный произведенным эффектом, предложил князю подняться на палубу корабля. Анастасия вместе с адъютантом Михаилом Мещерским осталась на стапеле.
Сначала они увидели Афанасьева и Светлейшего у фальшборта. Там корабельный мастер, показывая, как ненадежно прибит планширь, оторвал эту широкую деревянную рейку от основания с помощью молотка и долота. Затем собеседники мелькнули у шеста, заменяющего грот-мачту, и наконец появились на кормовом балконе, где главный строитель, пиная ногой