В большинстве случаев никакого суда не было, смертные приговоры царь выносил заочно после тайного следствия. Людей убивали дома или на улице, оставляя краткую записку на трупе. Митрополиту Филиппу сначала прислали в кожаном мешке голову окольничего М. И. Колычева, его троюродного брата.
Ливонская война разоряла дворян и их крестьян. В 1568 и 1569 гг. были неурожаи, и к 1570 г. цены на хлеб поднялись в 5-10 раз. Началась чума, к осени 1570 г. охватившая 28 городов. От голода и эпидемии гибли сотни тысяч. Тысячи русских людей уводили в полон крымские татары.
Царь со своей бандой укрылся в Александровой слободе, превращенной в крепость. В начале 1569 г. крепость Изборск была сдана литовцам предателем, за что казнили непричастных к этому приказных людей, дьяков ряда приграничных городов. Из Пскова выселили 500 семей и 150 семей из Новгорода. Вскоре царь закончил «дело» своего двоюродного брата Владимира Андреевича Старицкого: заставил выпить кубок с отравленным вином. Царь велел также отравить жену Владимира (двоюродную сестру А. Курбского) вместе с девятилетней дочерью. Погибли и слуги В. Старицкого.
Страшному разгрому в начале 1570 г. подвергся Новгород, обвиненный в «великой измене». Опричники ограбили Софийский собор, вели дознание с помощью жесточайших пыток. Новгородцев бросали в Волхов, топили топорами или рогатинами, спускали мертвыми и живыми под лед. Жертвами новгородского разгрома стали примерно 200 дворян и более 100 домочадцев, 45 дьяков и приказных и столько же членов их семей. Вместе с простыми людьми в Новгороде погибло от 2 до 3 тысяч человек. Была изъята казна 27 старейших монастырей.[30] Настала пора Пскова. Печерскому игумену отрубили голову. Псковские церкви и монастыри были ограблены до нитки. В Пскове больших казней не было, так как до этого под Тверью и в Торжке было перебито 220 псковских переселенцев с женами и детьми.
Затем Иван Грозный и Малюта Скуратов занялись Москвой. 25 июля 1570 г. было казнено более 100 человек. Печатника Висковатова за отказ