С 30 июня 1941 года по 4 сентября 1945 года – член ГКО СССР, а с 16 мая 1944 года по 4 сентября 1945 года – заместитель председателя ГКО.
С апреля 1941 года курировал еще и наркоматы цветной металлургии, угольной, нефтяной и лесной промышленности; а во время войны ГКО возложил на него контроль над такими важными оборонными отраслями, как производство минометного вооружения, боеприпасов, самолетостроения и моторостроения, танковая промышленность.
За достижения в производстве боеприпасов ему в 1943 году было присвоено звание Героя Социалистического Труда.
Но, пожалуй, наиболее важной областью, которую курировал Берия, являлась работа над советской атомной бомбой.
Он был опытным организатором и наиболее подготовленным в технических вопросах среди всех членов Политбюро и других высших руководителей страны. Вот что писал о главном герое нашей книги один из создателей советской атомной промышленности академик Андраник Мелконович Петросьянц: «Он придал всем работам по ядерной проблеме необходимый размах, широту действий и динамизм. Он обладал огромной энергией и работоспособностью, был организатором, умеющим доводить всякое начатое им дело до конца».
5 марта 1953 года, сразу же после смерти Иосифа Сталина, его соратники на совещании, получившем название «Совместное заседание Пленума ЦК КПСС, Совета Министров СССР и Президиума Верховного Совета СССР», разделили властные полномочия. Лаврентий Берия стал первым заместителем Председателя Совета Министров СССР и одновременно министром объединенного Министерства внутренних дел СССР, куда вошли прежнее МВД и МГБ.
Лаврентий Берия решительно вторгся в «святая святых» партийного аппарата – кадровую политику. В апреле он направляет в Президиум ЦК несколько записок, в которых говорит о недостатках в работе партийных органов Украины, Белоруссии, Литвы и Латвии. Записки эти были обсуждены на заседании Президиума ЦК 20 мая 1953 года. Так, после обсуждения записки о недостатках в работе органов МВД Литвы по борьбе с националистическим подпольем Президиум ЦК принимает постановления «О политическом и хозяйственном положении в Западных областях Украины» и «О положении в Литовской ССР». В нем работа ЦК КПЛ и правительства республики признавалась неудовлетворительной, главной задачей литовской парторганизации определялась «подготовка, выращивание и широкое выдвижение литовских кадров во все звенья партийного, советского и хозяйственного руководства». На посты зампредов Совмина республики, вторыми секретарями райкомов и горкомов, зампредами исполкомов, директорами совхозов, МТС, промышленных предприятий должны были выдвигаться литовцы. Номенклатурные работники, не знающие литовского языка, отзывались в распоряжение ЦК КПСС. Отменялось «ведение делопроизводства во всех партийных, государственных и общественных организациях