Берлин в те годы был и одной из столиц европейского психоанализа. Психоаналитическая ассоциация появилась в нем еще в 1910 г., и активность ее работы в 1920-х гг., включавшая и обучение врачей из других европейских стран, была столь высокой, что З. Фрейд в одной из статей отмечал это как предмет своей особой гордости. Майкл Балинт в эти годы, наряду с работой в биохимической лаборатории, активно занимается изучением психоанализа, а затем и медицинской практикой в области психоанализа и терапии психосоматических расстройств. Именно благодаря этим работам Балинта во всем мире вполне заслуженно считают одним из родоначальников теории психосоматической медицины. Параллельно с этим он публикует несколько исследований по биохимии, которые получили очень высокую оценку специалистов. Впоследствии он не любил вспоминать об этих работах и говорить о них, поскольку результаты некоторых из них спустя много лет, во время II Мировой войны, когда М. Балинт уже находился в Англии, были использованы немецким химическим концерном «ИГ Фарбен» в производстве смертоносного отравляющего газа «циклон В», применявшегося в нацистских концлагерях. Балинт, естественно, не имел к этому отношения и не нес за это никакой ответственности, но даже само упоминание об этих трагических событиях вызывало у него настоящие душевные мучения.
В 1925 г. Балинт с семьей возвращается в Будапешт и с 1926 г. начинает активную психоаналитическую практику. Этому способствовало то, что он жил в том же здании, в котором тогда находился Венгерский психоаналитический институт. В эти годы он проходит свой личный психоанализ у Шандора Ференци, и можно полагать, что именно тогда у Балинта сформировалось понимание того, что чувства врача, возникающие в коммуникации с пациентом, сами по себе являются важным лечебным фактором и что наиболее часто использующимся лекарством для пациента может быть сам доктор («… The most frequently used drug in practice is the doctor himself»). Эта идея стала одной из ключевых в книге М. Балинта «The Doctor, his Patient and the Illness», вышедшей в Лондоне в 1957 г. и очень скоро переведенной на 16 языков (в настоящее время их уже больше, но полного перевода на русский язык среди них все еще нет).
В 1926 г. Балинт становится членом Венгерского психоаналитического общества. В 1930 г. он – один из основателей первой психоаналитической клиники в Будапеште. В 1935 г., вскоре после смерти Шандора Ференци, он возглавляет Психоаналитический институт и руководит им до 1939 г. Вклад Балинта в его развитие отражен на мемориальной доске в Будапеште, которую в 1996 г. в честь столетия Майкла Балинта открыли в этом институте делегации балинтовских обществ 23 стран, включая, помимо европейских, США, Австралию, Аргентину, Южную Африку, Японию. Россия была представлена автором этих строк.
Научные и клинические интересы Балинта все больше смещались от различных отраслей медицины, включая бактериологию и биохимию, к психоанализу,