Полину Жемчужину это не насторожило и не остановило. Особую дружбу она завела с еврейскими общественными деятелями ЕАК.
На дипломатическом приеме, устроенном ее супругом, тогда еще главой МИДа, по случаю 31-й годовщины Октябрьской революции, ее заметили оживленно беседующей на идише с израильским посланником Голдой Меир, при этом она с гордостью заявила: «Ich bin a iddishe tochter» («Я еврейская дочь»).
Полина Жемчужина была женой члена Политбюро и членом партии. Больше ее своеволия Сталин терпеть не захотел, поэтому поручил Абакумову и Шкирятову дать на нее компрометирующий материал. При допросах многих арестованных членов ЕАК имя Полины Жемчужиной всплывало неоднократно. Для того чтобы придать делу законный вид и толк, Сталин приказал провести очные ставки между Жемчужиной и предварительно обработанными арестованными Фефером, Зускиным и Слуцким.
Сталину настолько не терпелось заполучить эти материалы, что он попросил доставить их к нему на дачу в тот же вечер курьером. Абакумов представил Полину Жемчужину в роли пособницы еврейских националистов:
«В течение длительного времени… поддерживала знакомство с лицами, которые оказались врагами народа, имела с ними близкие отношения, поддерживала их националистические действия и была их советчиком…Вела с ними переговоры, неоднократно встречалась с Михоэлсом, используя свое положение, способствовала передаче… политически вредных, клеветнических заявлений в правительственные органы. Организовала доклад Михоэлса в одном из клубов об Америке, чем способствовала популяризации американских еврейских кругов, которые выступают против Советского Союза. Афишируя свою близкую связь с Михоэлсом, участвовала в его похоронах, проявляла заботу о его семье и своим разговором с Зускиным об обстоятельствах смерти Михоэлса дала повод националистам распространять провокационные слухи о насильственной его смерти. Игнорируя элементарные нормы поведения члена партии, участвовала в религиозном еврейском обряде в синагоге 14 марта 1945 г., и этот порочащий ее факт стал широким достоянием в еврейских религиозных кругах…»
Ей припомнили и то, что в 1943 году она просила Михоэлса встретиться в Америке с ее братом, бизнесменом Сэмом Карпом.
Сталин постарался дискредитировать ее и в личном плане и, как позднее писал Хрущев, «опозорить Жемчужину и уколоть, задеть мужское самолюбие Молотова». Полина Жемчужина, которой в то время было уже за пятьдесят, следила за собой и была, как говорят, молодящейся женщиной. «Любовника» для нее «назначили» из ее сослуживцев. Для этого некоторых из них пришлось арестовать. На уговоры и угрозы поддался только один, согласившийся на оговор, опасаясь за судьбу жены и детей.
В предновогодние дни 1948 года Сталин вынес все это на Политбюро. «Помню грязный документ, –