Последователи Парацельса часто обвиняли университетские медицинские школы и городские гильдии аптекарей в некомпетентном монополизме, считая, что их лекарства приносят больше вреда, чем пользы. «Монополисты от традиционной медицины» того времени, в свою очередь, обвиняли последователей Парацельса в пренебрежении врачебных канонов, составленных ещё Гиппократом и Галеном, но при этом скрепя сердце признавали, что иногда запрещенные снадобья ятрохимиков работали лучше тех разрешенных средств, которые готовили «сертифицированные» аптекари из гильдий. Временные и бессистемные успехи ятрохимиков были связаны с тем, что последователи Парацельса считали, что лекари в первую очередь должны полагаться на результаты наблюдения и опыт, а не на труды мыслителей, живших сотни и тысячи лет назад. Правда, следует отметить, что ятрохимики – современники Бойля, как и Йоханнес Баптиста ван Хельмонт, голландец, по трудам которого Бойль знакомился с трудами Парацельса, – принимали парацельсковскую идею о важности эмпирического подхода, не разделяя при этом его теории на строение всего сущего. Парацельс отвергал идеи Аристотеля о четырёх первоэлементах – ему были ближе идеи Гебера, которые, правда, успели слегка измениться. К 17-му веку алхимики-герменевтики считали первоэлементами не только философскую серу – принцип горючести и философскую ртуть – принцип текучести, но и философскую соль – принцип твёрдости и негорючести. Любопытно, но ятрохимики, как и приверженцы Аристотеля, считали, что их вариант строения мира можно доказать с помощью огня.
Во взглядах на строение вещества Бойль не был согласен с ними обоими – ни с Аристотелем, ни с Парацельсом. Однако пока в его сознании кристаллизовались собственные идеи, политическая жизнь Англии кружилась водоворотом. В 1658 году умер казнивший Карла I лорд-протектор Оливер Кромвель, и до реставрации Стюартов и коронации Карла II не было понятно, станет ли Англия монархией или республикой. В эпоху больших перемен, когда каждый социальный институт Британии мог измениться всерьёз и надолго, университетская система не была исключением. Только смерть Кромвеля и реставрация монархии не дали открыть новый университет в Дарэме и закрыть при этом университеты в Кембридже и Оксфорде (единственный в истории британских университетов период, когда Кембридж и Оксфорд забыли обычное соперничество и единым фронтом пытались сорвать открытие вуза-конкурента и своё закрытие). Впрочем, у старейших учебных заведений Британии и без перспективы закрытия хватало проблем: парламент Кромвеля вменил в обязанность профессорам Кембриджа и Оксфорда подтверждать свою квалификацию (Academiarum examen) независимо от их прошлых успехов, а также постановил ввести в обязательную учебную программу университетов