В конце XIX в., в 1890 г., был совершен подлинный прорыв: создание научной методики полевой археологии, связанное с именем крупнейшего английского археолога У. Петри. Основываясь на исследованиях Древнего Египта, Петри впервые выработал метод систематизации всех видов находок, и прежде всего определения комплексов керамики, соответствующих конкретным периодам в истории городов и прочих поселений. Таким образом, самый массовый материал был превращен в важнейший хронологический показатель. Метод блестяще оправдал себя в ходе раскопок в Палестине, на Телль эль-Хеси (возм., Еглон [Эглон]), начатых автором метода, а затем продолженных американским археологом Ф. Блиссом (см.: Bliss F. The Development of Palestine Exploration. N.Y., 1906). Использование этого метода обусловило заметное совершенствование раскопок ирландца Р. Макалистера, работавшего совместно с Блиссом в долине Шефела. Особую известность получили широкие и проведенные на высоком уровне раскопки Макалистера в Газере (Гезере) (1902–1909), трехтомный отчет о которых явился весьма весомым вкладом в разработку основных вопросов истории Древней Палестины.
Как уже отмечалось, особый импульс исследованиям Древней Финикии и Сирии придала сделанная в 1886 г. находка в Телль эль-Амарне дипломатического архива фараонов Аменхотепа III и Аменхотепа Четвертого. Тексты этого архива донесли до нас переписку с фараонами не только владык великих держав древности, но и множества царьков Сирии и Палестины, находившихся в вассальной зависимости от правителей Египта. Данные этого архива сделали известным очень многое в истории, культуре и религии народов Святой Земли (см.: Meyer Е. Der Papyrusfund von Elephantine. Leipzig, 1912).
Заметными научно-организационными вехами стали созданные: в 1865 г. – Британский фонд исследования Палестины, в 1870 г. – Американское общество исследования Палестины, в 1877 г. – Германское Палестинское общество, до сего дня издающее «Zeitschrift des Deutschen Palastina-Vereins», в 1882 г. – Российское Императорское Православное Палестинское общество, в 1890 г. – Иерусалимская практическая школа для изучения Библии, созданная доминиканским орденом, в 1900 г. – Американский институт для изучения Востока и исследования Палестины и в 1902 г. – такой же немецкий институт. Собственно, с этого времени действительно начинается развитие библейской археологии как науки. Одним из первых кабинетных библейских археологов, в современном понимании этого слова, был аббат Ф. Вигуру, занимавшийся систематизацией и апологетическим сравнением с Библией различных археологических находок (см.: Vigouroux F. La Bible et les decouvertes modernes en Palestine, en Egypte et en Assyrië En 41. 3-e ed. P., 1881–1882). Его опыты археологического подтверждения и объяснения событий Нового Завета были переведены проф. А. Лопухиным и изданы им – вначале в журнале «Странник» за 1891 г., а впоследствии в качестве дополнения к «Священной истории Нового Завета». Кроме того, аббат Вигуру был одним из инициаторов издания с 1897 г. «Revue Biblique», и поныне публикующего работы по библейской археологии.