Вскоре, по словам Е. Тарле, Бонапарт все же понял, что, в отличие от Италии, его армия в Египте может рассчитывать только на узковоенные средства достижения успеха: «Социальный аспект войны оказался почти полностью исключенным. Это имело трагические последствия для французской армии: превратившись из армии освободительной, какой она в конечном счете была в Италии и намеревалась остаться на Востоке, в армию завоевателей, она стала неизмеримо слабее; при своей малочисленности и большой удаленности от основных баз она была обречена рано или поздно на поражение». Считается, что это поражение значительно ускорила гибель французской эскадры 1 августа 1798 г., из-за которой армия Наполеона, по сути, оказалась в мышеловке. Следующим ударом стала волна крупных мятежей, прокатившихся в Розетте, Александрии и Даманхуре, и завершившаяся в конце октября большим восстанием в Каире. А в конце года после завершения борьбы с мятежниками армию Наполеона ждало новое испытание: на этот раз вызов ей бросила Османская империя, сосредоточившая против нее в Сирии «бесчисленную» армию под командованием сераскера Ахмеда Джеззар-паши, по прозвищу Мясник. Чтобы упредить ее нападение, великий полководец с 13 тысячами солдат в начале февраля 1799 г. отправился на святую землю Леванта. На что же рассчитывал дерзкий корсиканец, выступив с небольшой армией против несметных полчищ Джеззар-паши и всех, кто к ним присоединился? Как всегда, на силу французского оружия, высокие профессиональные качества своих генералов, революционную поддержку сирийских христиан, а еще… на удачу. И она снова на какое-то время оказалась на его стороне. Когда после 12 суток изнурительного перехода под палящим солнцем через великую пустыню и Суэцкий перешеек французы появились у города Аль-Ариша (Эль-Ариша), внезапность нападения и убийственный огонь из гаубиц сделали свое дело – крепость сдалась на милость победителей. Потом без боя была взята Газа, после недельной осады – Яффа, затем – Хайфа, а к середине марта – уже завоевана вся Палестина.
Но вскоре французской армии пришлось столкнуться с куда более страшным и безжалостным врагом, нежели турки – с бубонной чумой. Болезнь вызывала панический страх у солдат, а Бонапарт, чтобы избежать эпидемии, спешно приказал уничтожить все захваченное ими при разграблении Яффы. Эта мера оказалась важной, но запоздалой. Заболевших с каждым днем становилось все больше (в частности, сам Наполеон сообщал о семистах), а положение с их лечением все ухудшалось: госпиталя, открытого в монастыре монахов Ордена святой земли, уже не хватало, сами монахи, ранее помогавшие армии, заперлись и больше не желали общаться с больными, а часть