В 20:00 3 июня обе стороны встретились на железной дороге и провели переговоры в вагоне полковника Эмерсона. 4 июня в 3:00 было подписано шестидневное перемирие, применительно к Мариинску. 4 июня полковник Эмерсон и майор Слотер отправили генеральному консулу Харрису в Иркутск сообщение, в котором, в частности, писали: «Теперь чешские и советские представители пришли наконец к соглашению, обеспечивающему продвижение чехов на восток. Советы согласились разрешить чехам следовать в полном вооружении. Белогвардейцы в Ново-Николаевске, Томске и Мариинске используют эту ситуацию, чтобы вооружиться и взять перечисленные города под свой контроль. До своего отъезда чехи отказываются возвращать Советам власть в этих городах».
Вечером 5 июня поезд полковника Эмерсона прибыл в Ново-Николаевск. Он провел встречу с чешским командующим генералом Гайдой, двумя его заместителями и американским консулом Реем. Перед началом встречи возник небольшой спор в отношении полномочий полковника Эмерсона, но он сохранял спокойствие и еще раз объяснил, почему ему пришлось вмешаться в проблемы, возникшие у чехов с Советами. На встрече американский консул задал ему вопрос, когда начались столкновения между чехами и Советами в Иркутске. Полковник Эмерсон сказал, что это была часть согласованных действий чехов с целью занять города, в которых находились чешские эшелоны. Чешский командующий ответил: «Неделю назад, 28 мая».
Полковнику Эмерсону позвонил представитель нового белогвардейского правительства и сказал следующее: «Около двух недель назад я звонил в Вологду послу Френсису и сообщил ему, что новое правительство связано с Временным сибирским правительством, сформированным в Харбине и возглавляемым господином Остроговым, и что его проинформировали о признании этого правительства союзниками».
После того как полковник Эмерсон отбыл из Ново-Николаевска, он получил сообщение от генерального консула Харриса, где тот выразил желание видеть полковника на финальных переговорах о мире, которые предполагалось провести в Омске. Чехи предлагали провести переговоры в Кургане вместо Омска. Полковник Эмерсон остановился в Кургане, где 8-го числа к нему присоединился генеральный консул Харрис. Вечером 8-го числа мистер Харрис встретился с чешскими представителями.
В самом начале встречи чешский капитан Кризек спросил мистера Харриса, что тот думает по поводу нового правительства. Мистер Харрис ответил: «Когда я уезжал из Иркутска, там не было известно ни о каких действиях контрреволюционеров. Моя миссия состоит только в том, чтобы быть посредником между чехами и большевиками. Моя миссия не