В семинарии Василий Дроздов учился латинской грамматике, поэзии, риторике, всеобщей истории, церковной истории, философии, философской и естественной истории. Учителя в ведомостях отмечали, что сей ученик «дарований, прилежания, успехов похвальных». Учиться было трудно. Условия жизни в провинциальной семинарии оставались нелегкими, средства – скудными, нравы учащих и учащихся – грубыми. Программа обучения была рассчитана на восемь классов, на их окончание уходило у большинства десять-двенадцать лет. Многие семинаристы за два-три года обучения едва могли одолеть премудрости катехизиса и русской грамматики в низших классах (они назывались «классами грамматики») и отправлялись в родные села служить псаломщиками. Окончание шестого класса («риторики») считалось большим достижением; в нем изучались библейская история, церковный устав и риторика, и немало выпускников шестого класса рукополагалось в сан священника.
Очевидно, что получение познаний и развитие мышления семинариста Дроздова происходило в последнюю очередь благодаря родной школе, но в первую очередь – благодаря советам и наставлениям отца. Иерей Михаил приучал старшего сына к книжной премудрости, поощрял любовь к чтению, развивал в нем философское мышление. Пытливый юноша самостоятельно штудировал книги по философии из отцовской библиотеки.
В эти годы отец благословил Василия петь на клиросе в Троицком храме, читал он там и Апостол. Небольшого роста, тихий и скромный юноша выработал тогда наблюдательность и умение анализировать поведение людей. Он начинает интересоваться также жизнью страны и Европы, всего большого и незнакомого мира.
В 1798 году Святейший Синод утвердил новый устав духовных школ. В нем детально определялась структура учебного плана, вводились краткая история Церкви, герменевтика, систематическая догматика и апологетика; предписывалось чтение Библии с разъяснением трудных мест, предлагалось ввести в обязательном порядке написание диссертаций для заканчивающих философский класс и произнесение публичных проповедей для учащихся в богословском классе, а также проведение в духовных академиях дважды в год публичных диспутов на философские и богословские темы. Словом, русские духовные школы поднимались на более высокий уровень. Василий Дроздов не успел вкусить и крох от этих нововведений. «В Коломенской семинарии учился я до класса философского, – вспоминал он сам позднее, – наставником по этому классу был такой человек, которого скудость мог постигнуть и ученик даровитый».
В 1799 году Коломенская епархия была упразднена. Коломенский