За умелые действия и проявленные при этом старания Феодор Ушаков был произведен в капитаны первого ранга и награжден орденом святого Владимира четвертой степени.
Трактатом между Россией и Турцией от 28 декабря 1783 года Крым был окончательно присоединен к России. И тогда же Екатериной II был издан указ об устройстве на южных рубежах новых укреплений, среди которых необходимо было выстроить и «крепость большую Севастополь, где ныне Ахтияр и где должны быть Адмиралтейство, верфь для первого ранга кораблей, порт и военное селение». В августе 1785 года в Севастополь из Херсона на 66-пушечном линейном корабле «Святой Павел» прибыл капитан первого ранга Феодор Ушаков.
11 августа 1787 года Турция объявила войну России. Для ведения боевых действий были развернуты две армии: Екатеринославская под предводительством генерал-фельдмаршала ГА. Потемкина-Таврического и Украинская генерал-фельдмаршала П. А. Румянцева-Задунайского. На первое время им предписывалось лишь охранять российские границы и только Севастопольскому флоту было велено действовать решительно. Вскоре произошла первая генеральная баталия.
Турецкий флот насчитывал семнадцать линейных кораблей и восемь фрегатов, а в русской эскадре, авангардом которой командовал капитан бригадирского ранга Феодор Ушаков, было всего два линейных корабля и десять фрегатов. 29 июня 1788 года противники обнаружили друг друга и, находясь во взаимной близости, старались занять выгодную позицию и сохранить линию баталии. Но 3 июля у острова Фидониси бой стал неизбежен. Турецкий флот всей мощью своей линии стал спускаться на русские корабли. И тут авангардный отряд Ушакова, «употребив старание и искусство», прибавил парусов и решительным маневром лишил возможности командующего турецким флотом Эски-Гассана охватить русские корабли и взять их на абордаж. Вместе с тем Ушаков отрезал от основных сил два передовых турецких корабля. Те, в свою очередь, обнаружив свое гибельное положение, не дожидаясь никакого сигнала, бросились спасаться бегством «с великой поспешностью».