Сохранилось свидетельство тогдашнего настоятеля монастыря иеромонаха Нафанаила о завершающем периоде земной жизни Феодора Феодоровича: «Адмирал Ушаков, сосед и знаменитый благотворитель Санаксарской обители, по прибытии своем из Санкт-Петербурга, вел жизнь уединенную в собственном своем доме, в деревне Алексеевке, расстоянием от монастыря через лес версты три, который по воскресным и праздничным дням приезжал для богомолья в монастырь к службам Божиим во всякое время. В Великий пост живал в монастыре, в келии, для своего прощения и приготовления к Св. Тайнам по целой седмице и всякую продолжительную службу с братией в церкви выстаивал неопустительно и слушал благоговейно; по временам жертвовал от усердия своего обители значительные благотворения; так же бедным и нищим творил всегдашние милостивые подаяния и вспоможения».
Началась Отечественная война 1812 года. На борьбу с французами поднялся весь народ. В Тамбовской губерни, как и по всей России, создавались ополчения для защиты Отечества. На губернском собрании дворянства, в котором Федор Федорович не смог принять участия по болезни, он был избран большинством голосов начальником внутреннего тамбовского ополчения. Предводитель дворянства писал ему: «Долговременная опытность службы Вашей и отличное усердие перед Престолом Российской державы, Вами доказанные, да попадут дворянству твердые способы к ревностным подвигам на пользу общую, да подвигнут всех к благодетельным пожертвованиям и да вдохнут готовность в сердце каждого принять участие ко спасению Отечества…» «За благосклонное, доброе обо мне мнение и за честь сделанную приношу всепокорнейшую мою благодарность, – отвечал адмирал. – С отличным усердием и ревностию желал бы я принять на себя сию должность и служить Отечеству, но с крайним сожалением за болезнью и великой слабостью здоровья принять ее на себя и исполнить никак не в состоянии и не могу». Но, между тем, вместе с темниковским соборным протоиереем Асинкритом Ивановым он устроил госпиталь для раненых, дав деньги на его содержание. Две тысячи рублей было им внесено на формирование 1-го Тамбовского пехотного полка. Все, что имел, отдавал он «на воспомоществование ближним, страждущим от разорения злобствующего врага…» Еще в 1803 году им были внесены двадцать тысяч рублей в Опекунский совет Санкт-Петербургского воспитательного дома; теперь он всю сумму с причитающимися на нее процентами передал в пользу разоренных войной: «Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедствующим и странствующим, не имеющим жилищ, одежды и пропитания». Не только крестьяне окрестных деревень и жители города Темникова, но и из отдаленных мест приезжали к нему многие. Со страдальцами, лишившимися имуществ, делился он тем, что имел; обремененных скорбию и унынием утешал непоколебимою надеждой на благость Небесного Промысла. «Не отчаивайтесь! – говорил он. – Сии грозные бури обратятся к славе России. Вера, любовь к Отечеству и приверженность к Престолу