После окончания духовного училища Николай Исакович поступил в Могилевскую духовную семинарию. Владыка впоследствии с ужасом вспоминал годы «лютого», по его собственному выражению, семинарского обучения. Каждый день учащиеся ожидали учителей и начальство со страхом и трепетом. После утренней и вечерней молитв в присутствии всего училища пороли детей, наказанных за малейшие проступки, а иногда и без всякой вины. По крайней мере, так казалось самим детям. Розгами секли по рукам и за плохое чистописание.
Итак, училище, семинария… Для XIX века это был традиционный для выходцев из духовного сословия («поповичей») путь. Кроме того, именно в это время была проведена крупнейшая реформа духовного образования, результатом которой стало учреждение четырехступенчатой модели обучения, включавшей в себя церковно-приходские школы, духовные училища, семинарии и академии. Данная система, разработанная в 1808–1814 годах, предназначалась исключительно для детей духовенства, хотя, конечно, были и исключения. Духовные академии, которых было открыто всего четыре (Санкт-Петербургская – в 1809 году, Московская – в 1814-м, Киевская – в 1819-м, Казанская – в 1842-м), должны были быть не только высшими духовными учебными заведениями, но и научно-богословскими центрами и одновременно контролирующими учреждениями. Каждая из семинарий, согласно проведенной реформе, должна была входить в состав одного из четырех духовно-учебных округов во главе с одной из духовных академий. Могилевская семинария входила в округ именно столичной академии. Поэтому Николай Исакович, как лучший выпускник средней духовной школы, каковой являлась семинария, был направлен для продолжения обучения именно в столичную духовную академию.
Санкт-Петербургская духовная академия была открыта в 1809 году. Очень много для ее развития сделал третий по счету ректор – епископ Филарет (Дроздов) (впоследствии митрополит Московский), возглавлявший богословскую школу