В клире Церкви Низибийской был один человек, по имени также Ефрем. Опасаясь обличения преступной связи своей с дочерью одного из значительных граждан низибийских, он научил соучастницу в грехе, когда сделаются явными следы ее преступления, сложить вину на соименного ему Ефрема, ученика епископского, который за свое благочестие приобрел себе уже любовь и уважение других. Наученная девица так и поступила. Когда нельзя было ей более скрывать свой позор, она указала своим родителям как на виновника своего позора на преподобного Ефрема. Скоро молва об этом разнеслась по городу, и родители девицы вместе со многими другими обратились к епископу с обвинением на ученика его. Святой старец, убежденный в непритворном его благочестии, не хотел верить обвинению, не получив от самого Ефрема признания. Ефрем, уже наученный опытом не пререкать судьбам Промысла, наводящего искушения, пал к ногам епископа и сокрушенным голосом сказал: «Действительно, отец мой, я согрешил!» Вскоре после того отец девицы принес к епископу младенца и в полном собрании клира отдал его Ефрему, сказав: «Вот твой сын, воспитывай его!» Как бы действительно виновный, он с горькими слезами взял младенца и пред лицом всех сказал: «Поистине, отцы мои, я согрешил!» Но Господь, испытав покорность и твердость Ефрема в перенесении искушения, дал ему и средства выйти из испытания со славою, достойною его смирения. Он внушил беспрекословному страдальцу, что его добродетель не должна остаться помраченною в глазах людей поношением порока, и Сам содействовал обличению виновного. В один раз, когда народ собрался в храм для богослужения, пришел и Ефрем с младенцем, и, испросив у епископа позволения взойти на амвон, поднял вверх младенца, и сказал ему: «Заклинаю тебя именем Господа нашего Иисуса Христа, открой истину, скажи: кто твой отец?» Младенец отвечал: «Ефрем – эконом церковный». Три раза сказав это, младенец умер. Тогда со слезами просили прощения у преподобного Ефрема все обвинявшие его, и с этого времени слава святости его еще более распространилась.
Святитель Иаков, более всех зная высокие достоинства своего ученика, брал его с собою на Первый Вселенский Никейский Собор (325 г.), которого богомудрое изложение веры суждено было защищать Ефрему против лжеучителей. Еще около двенадцати или тринадцати лет он пользовался наставлениями своего епископа. Под его руководством упражняясь в подвигах иноческих, строгим постом и молитвами очищая дух свой, он в то же время прилежно изучал слово Божие, приготовляемый и сам Духом Божиим на чреду высокого служения Церкви в качестве учителя. Как глубоко сознавал он сию связь между жизнию христианскою и знанием слова Божия, это изобразил он в одном из своих поучений. «Природа, – говорит он, – это земля, нами возделываемая; произволение – земледелатель; а Божественные Писания –