В результате Иван III собрал войско и разбил на реке Шелони новгородские воинские силы. С новгородцами был заключен договор, по которому они признавали власть великого князя Московского, уплачивали Москве «окуп» за свое неповиновение и соглашались на «поставление» Новгородского архиепископа «в дому Пречистые у гроба Петра чюдотворца на Москве у нас, великих князей, и у вашего отца митрополита…»[206]. Но в 1477 г. новгородцы нарушили Шелонское перемирие и опять «бысть мятеж в Новегороде», во время которого они «убили послов великого князя Василия Микифорова, Захария Овину и с братом Кузьмою», причем «у владыки во дворе» и «от того часа взбесивша, яко пьании, ин иная глаголаше, и к королю паки восхотевша»[207]. Иван III не потерпел такого «неисправления и отступления» и осуществил новый поход на Новгород. Новгородцы не решились оказать ему сопротивление. Было введено прямое управление Новгородской землей через московских наместников; новгородское государственное управление упразднялось, сохранились лишь некоторые институты самоуправления на низшем уровне в городе и сельской местности.
Во всех этих мероприятиях великий князь нашел поддержку у новгородских низов. Иван III конфисковал земли у тех бояр, которые стояли за «отложение к Литве», но затем переселил и других крупных новгородских вотчинников с семьями в Подмосковье и центральную часть государства, а их земли раздал московским служилым людям. Мелкие держатели земельной собственности – «своеземцы» никаким имущественным изъятиям и переселениям не подвергались. Новгородская республика пала, и сам Новгород и его владения («пятины») вошли в состав Московского государства на таких же основаниях, как и все остальные земли.
Тверской князь Михаил Борисович в надежде на сохранение независимости Тверского княжества и своей безопасности тоже обратился за помощью к литовскому великому князю и польскому королю Казимиру IV.