В связи с опасностью захвата Сантандера войсками националистов в ночь с 24 на 25 августа корабли Fuerzas Navales del Cantábrico начали перебазирование оттуда в Gijón. При этом на борту С-4 были эвакуировано политическое и военное руководство Севера, а на С-6 кроме республиканских военачальников также 10 советских военных советников, важные государственные документы и ценности на сумму 15 миллионов песет. На переходе С-6 пришлось уклоняться от атаки эсминца “Velasco”.
В ночь с 25 на 27 августа Gijón подвергся сильнейшей бомбардировке с воздуха, были потоплены три крупных транспорта, повреждены эсминец и ряд вспомогательных судов. С-2 и С-4 получили незначительные повреждения корпуса. Все это вынудило все подводные лодки на следующий день покинуть порт и выйти в море для выполнения наспех поставленных боевых задач.
Вскоре на С-6 вышли из строя горизонтальные рули, но ей был отдан приказ оставаться на позиции, несмотря на потерю боеспособности. Только 2 сентября лодке удалось вернуться в Gijón.
С-2 и С-4 по инициативе их командиров, ссылавшихся на неисправности, несмотря на запрет командования ушли во Францию. С-4 прибыла в Le Verdon 29 августа, а С-2 – 1 сентября в Brest. Ремонт С-2 осуществлялся на судоверфи в Saint-Nazaire до июня 1938 года, а С-4 в Бордо до апреля того же года.
С-6 совершила несколько выходов в море, в ходе одного из которых в ночь с 15 на 16 сентября неудачно атаковала двумя торпедами минный заградитель “Júpiter”.18 октября при стоянке в порту El Mussel (Gijón) была тяжело повреждена при авианалете и в ночь с 20 на 21 октября затоплена экипажем в двух милях от мыса Cabo Torres.Таким образом, группировка республиканских ПЛ на Севере перестала существовать. Да и во всем республиканском флоте к концу 1937 года в строю оставалась только ПЛ С-1.
Во время стоянки С-2 и С-4 во французских портах с них дезертировали оба командира и до половины членов экипажей. К этому времени во Франции действовала разветвленная сеть франкистской агентуры во главе с начальником Военной разведывательной службы пограничной зоны с Францией (del Servicio de Información militar de la zona fronteriza con Francia) майором Troncoso, действовавшей в тесном контакте с германской разведкой и крайне правыми французскими партиями и группировками. Экипажам республиканских лодок в передачах франкистского радио за дезертирство предлагалось вознаграждение в сумме 2 тысяч французских франков, за побег и порчу механизмов – 3 тысячи, а за крупную аварию – до 5 тысяч франков.
Ночью 28 сентября группа франкистских агентов совместно с командирами С-2 Alferez de Navío José Luis Ferrando Talayero и С-4 Teniente de Navío Jesús Lasheras Mercadal пытались захватить С-2 и угнать ее на территорию, контролируемую франкистами. Эта попытка не увенчалась успехом. В командование лодками вступил Capitán de Corbeta Pedro Pardo, а затем его сменили советские офицеры – на С-2 Н.П. Египко (Capitán