На этом встреча царя с младенцем Петром заканчивалась, а царевна ластилась к мужу и обещалась навестить его вечером в царской опочивальне – если царь будет не против. Царь бывал не против встречи с молодой царицей, ибо, несмотря на тучность и возраст, был пристрастен к плотской утехе, помня Божью заповедь: «идите, плодитесь и размножайтесь» к людям и тварям земным, морским и небесным.
В одно из таких посещений, когда царь Алексей снова разглядывал своего несуразного вида сына, тот вдруг срыгнул молоком кормилицы прямо в лицо склонившегося над ним отца, облив бороду, уши и царское облачение, а потом залился громким плачем и начал дергать своей маленькой головкой словно припадочный. С этого случая, Алексей Михайлович перестал подходить к сыну при посещениях царицы Натальи, а та, от греха подальше, отправила сына с няньками и кормилицами в село Коломенское, где изредка навещала его, поскольку ожидала рождения следующего ребенка, которым оказалась дочь, нареченная Натальей, по настоянию царя Алексея Михайловича весьма благоволившему к своей молодой жене, несмотря на вздорность ее характера и небольшой разум.
Такой порядок сохранялся три года, когда нежданно, зимой 7184 года от сотворения мира, царь Алексей Михайлович скончался по причине своей тучности.
На престол Московский был венчан старший сын Алексея Михайловича – Федор Алексеевич: пятнадцати лет от роду, весьма болезненный, если верить свидетельствам современников.
Царевичу Петру в это время было уже почти четыре года, но он продолжал сосать грудь кормилицы, ходил с трудом на маленьких ножках и говорил невнятно.
С воцарением Федора Алексеевича – по матери из рода Милославских, Наталья Кирилловна была выпровожена из Кремля в ближнее село Преображенское, где и проживала далее с сыном Петром и дочерями Натальей и Феодорой, которая умерла через два года, четырехлетней.
Болезненность царя Федора не помешала его женитьбе на дворянке Грушецкой из Смоленска, который долгое время находился под польским владычеством и был возвращен под Московскую власть царем Алексеем Михайловичем.
Болезненность детей мужского пола от царя Алексея и Марии Милославской вызывает большие сомнения в естественности, объясняемой скорбутом (цингой) ибо дети женского пола были вполне здоровы, а царский стол был изобилен овощами и фруктами, отсутствие которых и приводит к цинге. История не дает ответа на этот вопрос, но отравления свинцом, мышьяком или ртутью соперников в борьбе за престол широко практиковались в царских семействах Европы и Азии, а симптомы болезни при таких отравлениях весьма похожи на симптомы цинги.
Видимо, под влиянием жены, царь Федор ввел при дворе польские обычаи брить бороды и носить польское платье, запретив появляться в присутствие в охабнях. Часть стрелецкого войска он перевел на иноземный лад в полки, где были отменены назначения командиров по разрядным книгам,