За первой литургией отец Иоанн обратился к своей пастве с такими словами: «Сознаю высоту моего сана и соединенных с ним обязанностей, чувствую свою немощь и недостоинство, но уповаю на благодать и милость Бога, немощная врачующую и оскудевающая восполняющую. Знаю, что может сделать меня более или менее достойным этого сана и способным проходить это звание. Это – любовь ко Христу и к вам, возлюбленные братья и сестры мои. Да даст и мне любвеобильный ко всем Господь искру этой любви, да воспламенит ее во мне Духом Святым».
Средоточением христианской жизни отец Иоанн считал молитву. Он, по завету Спасителя, воспринимал храм Господень прежде всего как дом молитвы и призывал людей молиться искренно, сердечно, глубоко, с верою в чудодейственную силу молитвы. «Всегда твердо верь и помни, что каждая мысль твоя и каждое слово твое могут несомненно быть делом». Ему была дарована сила христианина – дар помогающей и исцеляющей молитвы. Многих спасла его молитва.
В книге «Моя жизнь во Христе», вышедшей в свет в 1894 году, отец Иоанн рассказывает о плодах молитвы. «Младенцы Павел и Ольга по беспредельному милосердию Владыки и по молитве моего непотребства исцелились от одержавшего их духа немощи. Девять раз ходил я молиться с дерзновенным упованием, надеясь, что упование не посрамит, что толкущему отверзется, что хоть за неотступность даст мне Владыка просимое; что если неправедный судия удовлетворил наконец утруждавшую его женщину, то тем более Судия всех, праведнейший, удовлетворит мою грешную молитву о невинных детях, что Он призрит на труд мой, на упование мое. Так и сделал Владыка: не посрамил меня, грешника. Прихожу в десятый раз, – младенцы здоровы». Такова была сила молитвы этого великого пастыря. Относился он к молитве и Слову Божию с глубоким уважением, которое внушал и другим: «Во время молитвы и при чтении слова Божия надо иметь благоговение к каждой мысли, к каждому слову, как к Самому Духу Божию, Духу Истины».
Замечательны его слова о молитве священника за людей: «Какое высокое достоинство, честь, счастье – молиться за людей, за это драгоценное стяжание и достояние Божие! С какою радостью, бодростью, усердием, любовью надо молиться Богу – Отцу человеков о людях Его, купленных Ему кровью Сына Его!»
Почти ежедневно совершал отец Иоанн Божественную литургию в Андреевском соборе, где был штатным священником. «Есть люди, для которых литургия – все на свете», – писал отец Иоанн. Сам он решился как можно чаще совершать литургию, а в последние 35 лет своей жизни служил ежедневно, кроме тех дней, когда утро заставало его в пути или когда тяжело болел. Объяснял он это так: «Если бы мир не имел Пречистого Тела и крови Господа, он не имел бы главного блага, блага истиной жизни – живота не ймате в себе (Пн. 6,53)». Потому