Преобразование функциональной активности системы факторов неспецифического реагирования осуществляется за счет каждого ее элемента, которые являются не только биологическими преобразователями энергии внешней среды, но и усилителями по отношению друг к другу. Одной из важнейших особенностей рефлекторной деятельности, имеющей отношение к функциональному автоматизму, является автономизация функций, которые способны работать в режиме пассивного и активного автоматизма. Автономизация функций рефлекса – форма автоматического управления, при которой сохраняется независимость некоторых управляемых величин от изменений остальных управляемых величин. Другой важнейшей особенностью низших уровней факторов неспецифического реагирования является способность функционировать в режиме автономного автоматизма до определенного энергетического уровня. В экстремальных условиях жизнедеятельности, в связи с возникновением угрозы нарушения биологического постоянства на местном уровне внутренней среды, происходит включение центральных (резервных) механизмов управления.
Особая роль в системе факторов (элементов) неспецифической регуляции отводится ЦНС, которой принадлежит ведущая роль в решении энергетических проблем внутренней среды живого организма. В процессе эмбриогенеза, ЦНС и кожа формируются из наружного зародышевого листка – эктодермы, а все прочие органы (в т. ч. и внутренние) из среднего листка (энтодермы). Связь внутренних органов с нервной системой, а через неё с наружной поверхностью зародыша (кожей) обеспечивается в процессе органогенеза врастанием нервной системы в органы.
При развитии зародыша внутренние