В противоположность этому на начальную фазу Балканского кризиса, который Клинтон унаследовал от Буша, он реагировал с большой решительностью и эффективно. Соединенные Штаты не сразу осознали, насколько потенциально опасен кризис в многонациональной Югославии. В то время как объединенная Германия быстро признала (и втайне приветствовала) независимость Словении и Хорватии, Франция и Россия не сделали этого, мотивируя свою позицию традиционной близостью к Сербии. Обстановка конфликта в Боснии с ее смешанным населением, состоявшим из хорватов-католиков, боснийских мусульман и сербских ортодоксальных боснийцев, быстро привела к войне. Госсекретарь Буша Джеймс Бейкер, выражая ошеломляющее безразличие, часто цитировал поговорку: «В этой драке нет нашей собаки».
Эскалация войны породила такие зверства, каких Европа не видела с конца Второй мировой войны, как, например, массовые казни, проводившиеся сербской армией в Сребренице, взволновавшие западное общественное мнение. Обеспокоенный возможными осложнениями советник по национальной безопасности Клинтона откровенно предостерег своего шефа (по информации журналиста Роберта Вудворда), что «слабая и беспорядочная стратегия в Боснии становится раковой опухолью всей внешней политики Клинтона, разрастаясь и пожирая всяческое доверие к ней». Вскоре колебания Америки и разногласия среди западных держав были преодолены – частично благодаря усилиям по укреплению Атлантического альянса, расширению НАТО и росту Европейского союза, создавшим благоприятную атмосферу для образования единой общей позиции.
Несмотря на резкие протесты России и сохранявшуюся безучастность некоторых европейских союзников, короткая, но интенсивная воздушная кампания НАТО против сил, поддерживаемых Сербией, привела к прекращению военных действий. Далее, в конце 1995 года, последовала мирная конференция в Дейтоне (штат Огайо), символически отразившая центральную роль Америки в урегулировании кризиса. Однако резолюция конференции не ознаменовала конец насилия, которое вскоре вспыхнуло вновь – на этот раз в Косово, части бывшей Югославии, населенной в основном албанцами. Сербская политика этнических чисток, направленная против албанского большинства в Косово и рассчитанная на упрочение национальной консолидации Сербии, снова вызвала массовые убийства гражданского населения