Более заметные изменения по сравнению с президентством Буша произошли в механизме управления. Характерной чертой стиля Буша было управление по вертикали, осуществлявшееся узким кругом лично известных президенту лиц под его непосредственным контролем или под контролем «второго я» президента, его сдержанного и осторожного советника по вопросам национальной безопасности. Трудно представить манеру руководства более непохожую на стиль Буша, чем стиль Клинтона. Он нарушал большинство принятых правил, и его было трудно охарактеризовать. Обсуждения внешнеполитических вопросов в Белом доме при Клинтоне больше походили на то, что немцы называют «кафеклатч», обменом сплетнями, чем на процедуру принятия политических решений высокого уровня. Они выливались в долгие совещания без строгой повестки, редко укладывающиеся во временны́е рамки, с неожиданным появлением в качестве участников различных сотрудников аппарата Белого дома. Некоторые занимались главным образом внутренними вопросами и присутствовали на заседаниях СНБ по собственному желанию, произвольно включаясь в обсуждение вопросов внешней политики. Президент, особенно в течение первого срока, скорее был одним из участников, чем руководителем с решающим голосом, и когда совещание наконец заканчивалось, часто оставалось неясным, какие же решения были приняты и были ли они приняты вообще. Это усложняло жизнь советника по национальной безопасности, потому что не было уверенности, что после принятия решения последуют необходимые скоординированные действия.
Колин Пауэлл, бывший при Клинтоне председателем Комитета начальников штабов, охарактеризовал эту атмосферу просто: «Как будто мы были в кафе», рассказывая об этом Дэвиду Роткопфу, который в очерке о системе СНБ «Управляя миром» писал: «Если вы, например, прилетели с Марса и не знаете, кто есть кто, то, включившись в разговор, вы не догадались бы, кто президент». И хотя со временем все это приняло более привычную форму, другие высшие чиновники все же вспоминают, что даже в течение второго президентского срока у Клинтона на заседаниях по внешней политике не было доминирующего голоса. Ни президент, ни вице-президент, ни советник по национальной безопасности, ни государственный секретарь не брали на себя этой функции. Изменчивые личные влияния и проистекавший отсюда бюрократический разброд так и не удавалось полностью преодолеть. Новообразованный Национальный экономический совет (НЭС) в противоположность СНБ работал в более четком и профессиональном