Преподавание богословия начал архимандрит Августин. Метода его оказалась довольно простою. Он ежедневно вручал в классе свою тетрадку, в которой на латинском языке излагалось толкование книг Ветхого Завета, приказывал читать по очереди вслух отмеченные им места и записывать по-русски в свои тетради. Устные пояснения отца Августина нс отличались ни глубиною, ни продолжительностью, ибо он буквально воспринял требование митрополита Платона: «Богословие Христово состоит не в препирательных человеческия мудрости словесах, а потому следует устранять все пустыя и бесполезныя вопросы, которыми обезображены книги римских католиков».
Со святок всё переменилось. Отца Августина перевели ректором московской академии, а во главе семинарии с января 1802 года был поставлен инспектор отец Евграф, принявший также обязанности преподавателя богословия. Вопреки требованию митрополита Платона заниматься по его богословию, он взял за основу учебник Голлазия, статьи из которого прочитывал в классе, переводил и подробно толковал (платоновское богословие казалось отцу Евграфу слишком уж упрошенным). Также в нарушение требований владыки ректор стал больше внимания уделять изучению русского языка, требуя и богословские диспуты проводить по-русски. Времени своего в классе: отец Евграф не жалел, поощряя семинаристов к всевозможным вопросам, отвечать на которые он старался вызывать самих учащихся. И чем дальше, тем больше на трудные вопросы отвечал Василий Дроздов.
После Голлазия перешли к изучению различий православия и протестантства. Читали трактаты на латыни и на греческом, обсуждали, нередко спорили, выискивая всё Новые доводы в пользу православия во взглядах на Святую Троицу, на пути искупления, на значение икон. Отец Евграф открыл для семинаристов важность трудов отцов церкви и всемерно поощряя чтение ими Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Часть обучавшихся этим тяготилась, ибо предпочитала тупо следовать известному от дедов «канону». Быстрее всех и точнее всех его объяснения понимал Дроздов, в коем всё ярче разгоралась любовь к богословской премудрости. С чистым сердцем отец ректор оценил успехи Василия: «Отлично остр» прилежен и успешен». Он же в апреле 1802 года представил отличного семинариста к посвящению в стихарь для представления Слова Божия в трапезной церкви.
Учитель греческого языка оценил успехи Дроздова как «препохвальные, прекрасные»; ввели в семинарии обучение медицинской науке, и вскоре лекарь отмечал, что в ней Дроздов «очень хорошо успевает». В Твери также изучали медицину, и Гриша Пономарёв написал,