Однако деньги были не единственной и, возможно, даже не главной проблемой. Почти сразу же после того, как Витте занял пост министра финансов, он приступил к созданию структуры, которая позволила бы ему осуществить проект, подобный Транссибу. Витте подготовил документ, где предлагал начать осуществление проекта с создания влиятельного комитета, который взял бы на себя функции по обеспечению руководства и контроля за строительством. На деле этот комитет должен был иметь более широкие полномочия, касающиеся не только железной дороги, но и других аспектов освоения Сибири, таких, как переселение и планировка городов, неизбежно возникающих с появлением линии.
Предшественник Витте, Гюбеннет, еще ранее высказывал идею о создании «специального центрального управляющего органа». Но именно Витте добился того, чтобы такой комитет стал действительно влиятельной организацией, способной день за днем развеивать все сомнения, высказываемые противниками проекта. Витте предпринял ловкий ход, предложив назначить председателем комитета наследника престола, великого князя Николая, который уже принимал участие в реализации проекта и которому суждено было стать последним русским царем. Когда царь Александр III впервые дал добро на строительство Транссиба, цесаревич совершал кругосветное путешествие, направляясь через Грецию и Египет в Индию и Японию. У царя родилась удачная мысль привлечь сына к церемонии открытия строительства магистрали на ее восточном конце, во Владивостоке – блестящий рекламный ход. Поэтому в марте 1891 года он написал цесаревичу в той высокопарной манере, с неуместными заглавными буквами и длинными предложениями, в которой обычно велась переписка между особами царской крови:
«Ваше Императорское Высочество, повелев ныне приступить к постройке сплошной через всю Сибирь железной дороги, имеющей соединить обильные дарами природы Сибирские области с сетью внутренних рельсовых сообщений, я поручаю Вам объявить таковую волю мою, по вступлении Вами вновь на Русскую землю