Последовал заход в Кейптаун, а вслед за ним – работы на банке Агульяс у мыса Игольный, после чего «Вальдивия» взяла курс на затерянный в антарктических водах остров Буве, открытый в 1739 году, но ни Куком, ни Дж. Россом не обнаруженный в их экспедициях. 25 ноября встретили первый айсберг, а во второй половине дня раздался крик старшего офицера Брунсвига: «Буве перед вами!» Провели пять драгировок и, дорожа хорошей, установившейся погодой, взяли курс на юго-восток, за три недели спустившись до 64°14′ ю. ш. в районе Земли Эндерби, но Антарктического материка не достигли, так как путь преграждали льды. Капитан А. Крех велел разбудить К. Чуна и вызвать его на мостик: лот показал глубину примерно 4500 метров. Решили поворачивать на север. Пришлось отталкивать льдины от корпуса судна шестами, но 16 декабря море очистилось ото льда и на душе у всех стало легче. Первое, что сделали, выйдя из льдов, – провели ряд ловов замыкающимися планктонными сетями и траление, вытравив 6400 метров троса. Трал принес груду камней, самый большой из которых весил около полутонны, но были в улове и представители фауны: крупные асцидии на тонком стебле, два вида морских лилий, офиуры. Погода портилась, грянул шторм с метелью, но к Сочельнику пришли к острову Кергелен, где провели четыре дня и организовали высадку ученых. Здесь поражали не только огромные морские львы, но и насекомые с укороченными недоразвитыми крыльями, жившие среди «кергеленской капусты» – принглея, мокрицы, походившие на ископаемых трилобитов, отсутствие растений, опыляемых насекомыми (все местные растения опыляются ветром).
Рождество и Новый, 1899-й, год сопровождались сильным штормом. 3 января подошли к острову Сен-Поль, на котором встретили француза, занимавшегося с командой в 20 человек рыбным промыслом, и это были первые люди, встреченные «Вальдивией» за два месяца антарктических скитаний. Остров этот – вулканического происхождения, центральную часть его занимал кратер, разрушенный с одной стороны. Внутри кратера стояло судно, доставившее туда рыбаков, здесь же экипаж «Вальдивии» наловил превосходных лангустов. На острове имелись горячие источники, в которых рыбаки варили рыбу и раков. Натуральный обмен пополнил стол на «Вальдивии»