Разработкой и детализацией платонического учения о невидимой натуре, умозримой «под грубою корою вещества» (В. С. Соловьев) в макрокосме, микрокосме и мире символическом, стала у Сковороды укорененная в библейской и античной почве софиология. Речь идет о проблематике развертывания многообразия сотворенного мира из Божественного Единства. София – Премудрость Божия, предвечное личностное начало, имеющее у каждого народа свое имя, но единое для всего сущего, есть мать «доброты всякой» (т. е. добротности, ладности, ἀρετή) и «стройности»: принцип упорядоченности, устроения, размеренности и взаимосоотнесенности частей целого. Это мысли (λογοι) и советы, промышление Божества о мире, сердце мира. София включает в себя начала (αρχας), формы (τυπους), и виды (ειδει) творения, это «план» мироздания в целом и подробностях.
Принципиальным в соотношении «невидимой» и «видимой» натур в макрокосме является то, что макрокосм, устроенный согласно «мере, числу и весу» (Прем 11:21) и управляемый «промыслом общим», актуально совершенен. Гностического отрицания природы у Сковороды не найти. «О всем зрелым разумом разсуждайте, не слушая Шепотника дiавола, и уразумеете, что вся Экономiя Божiя во всей вселенной Исправна, добра и всем нам всеполезна есть» (С.518). Частное уподобление мира часовому механизму у Сковороды уравновешено другим важным сравнением: мир это Вертоград Божий, насажденный и взращенный Премудростью, яблоневый сад, где философ ведет беседы со своими взыскующими истины друзьями. Великолепие живого космоса, пронизанного творческими логосами, есть иное Бога, точнее его Премудрости, космос «софиен» и София «космична».
Что касается другого мира, символического, то здесь между двумя натурами уже ощутимо некоторое несоответствие. Форма творящая и форма сотворенная, forma formans et forma formata рассогласованы. Во-первых, это естественное противостояние чувственного существования знаковой стороны символа и его смысловой полноты. Во-вторых, это «видимое» противостояние разнородного состава самого символического мира (Библия, философские сентенции, греко-римская мифология, фольклор, др.) и предполагаемого сущностного единства. Это несоответствие