Однако Л. Таберна оказывал давление на инквизицию, и правительство Венеции своими оговорами подвело Джордано под категорию беглого монаха-вероотступника и «заведомого ересиарха» (главу ереси), подлежавшего уголовной ответственности. Рассмотрением таких дел занимался Рим.
Примечательна казуистическая характеристика обвиняемого, изложенная главным прокуратором республики Ф. Контарини: «Он совершил тягчайшие преступления в том, что касается ереси, но это – один из самых выдающихся и редчайших гениев, каких только можно себе представить, и обладает необычайными познаниями и создал замечательное учение».
12 сентября 1592 г. папская инквизиция официально потребовала выдать ей Д. Бруно. Сенат Венеции во главе с дожем П. Чиконья отказался сделать это, но по требованию Контарини, посланца папы И. М. Беккария и под нажимом самого Климента VIII, пригрозившего интердиктом (отлучением города от церкви), дал согласие – «в связи с политическими обстоятельствами текущего момента».
Постановление о выдаче Д. Бруно было вынесено 7 января 1593 г.
19 февраля философа, закованного в кандалы, направили на корабле в Рим, а там спустя неделю заточили в тюрьму.
Четыре года судьи скрупулезно изучали натурфилософские и метафизические трактаты Джордано, выискивая в них доказательства его еретических воззрений, и 16 декабря 1596 г. приступили ко второй серии допросов (всего 10), использовав доносы Мочениго и показания сокамерников Бруно.
Упор был сделан на богохульство обвиняемого, его высказывания против культа святых, Христа, Богородицы и др. Не были забыты богословские и философские темы, разработанные философом.
По мнению ряда исследователей, следствие велось «с пристрастием», хотя к священникам пытки, как правило, не применялись.
Конгрегация инквизиции, судившая Бруно, состояла из секретаря инквизиторского трибунала доминиканца кардинала Сансеверины, верховного инквизитора кардинала Мадруцци, иезуита кардинала Беллармино, принимавшего впоследствии участие в суде над Галилеем, и еще 6 кардиналов.
Сверхзадачей судей было добиться от обвиняемого раскаяния и отречения от его идей, безоговорочно подчинившись папскому престолу. Сделать это было несложно, т. к. на философа имелось много совпадавших доносов и показаний разных лиц, а также его уличали собственные труды (поэма «О безмерном и бесчисленном», диалог «Изгнание торжествующего зверя», трактат «О связях вообще» и др.), изобиловавшие еретическими утверждениями. Достаточно упомянуть неприятие Бруно религиозного откровения, догмата пресуществления и таинства причастия, отрицание им догмата Троицы и божественности Христа, а также чудес, творимых Им и апостолами, утверждение множественности