Если первичность типа относительно таксона доводить до логического конца, то систему таксонов следует мыслить как некий эпифеномен, надстраиваемый над системой архетипов и не имеющий самостоятельного бытия вне бытия архетипов. Иными словами, таксон объективен в той мере, в какой объективно существует архетип, на котором основан этот таксон (Захаров Б.П., 2005). С точки зрения одной из поздних версий аристотелевского учения, предполагающей иерархию первичных и более высокого порядка сущностей (см. 3.1), онтология таксонов в определённой степени зависит от их положения в иерархии системы: чем выше ранг таксона, тем больше в нём «номинального» и меньше «реального», наиболее реальны виды как наиболее близкие к организменному уровню (Любарский, 1996а; Захаров Б.П., 2005). Эту позицию можно рассматривать как умеренно-номиналистическую, или биономиналисти-ческую (см. 3.2). В тех версиях типологии, которые опираются на понимание типа, близкое по содержанию к платоновской идее, онтология таксонов трактуется в более реалистическом ключе: таксоны признаются объективно существующими независимо от их ранга (Васильева, 1992, 2007; см. 5.4.3).
Особую значимость изоморфизм архетипического устройства организмов и таксономического устройства классификаций приобретает при установлении иерархии последних. Действительно, организменная типология обосновывает таксономическую иерархию ссылкой на иерархию частей организма, в чём проявляется приверженность её сторонников идеям организмической натурфилософии (см. 4.2.5). Основная проблема здесь в том, что классификационный и организменный типы описывают существенно разные аспекты разнообразия: в одном случае это многообразие организмов в пределах таксона, в другом – многообразие частей в пределах организма (об этих и других трактовках понятия типа см. 4.2.1). Это создаёт нечто вроде онтологического разрыва между двумя типологическими конструктами: как утверждает Л. Васильева (2005), организменная трактовка типа (гётевский архетип) не может служить основой для разработки классификаций, этой цели может служить только классификационный (линнеевский) тип. Как представляется, это противоречие преодолевает своеобразный «силлогизм Любарского», со ссылкой на представления Гёте приписывающий структурированному разнообразию организмов статус сверхорганизма-архетипа (Любарский, 19916, 1996а; см. 4.2.3). Эта концепция явно перекликается с океновской натурфилософией (см. 3.7.3): мерономическая структура сверхорганизменного типа оказывается изоморфной иерархии классификационного типа, что позволяет по первой из них судить о второй.
Типологические школы, которые рассматривают тип в структурном аспекте как отражение аристотелевской усии, в идеале стремятся к монотетическому определению таксонов: необходимо, чтобы (а) все представители данного таксона обладали как минимум одним общим для них существенным признаком или единым синдромом таких признаков и (б) этот признак (синдром