С 1921 г., когда Я. Н. Афанасьев возглавил кафедру почвоведения Горецкого сельскохозяйственного института, начинается белорусский период его жизни. В 1931 г. стал первым директором Института агропочвоведения АН БССР. В 1931–1937 гг. руководил всеми почвенными и агрохимическими исследованиями в республике. По инициативе Я. Н. Афанасьева была создана кафедра почвоведения в Белорусском государственном университете. Вместе с ним трудились соратники и ученики, впоследствии ставшие известными учеными АН БССР: П. П. Роговой, И. С. Лупинович, А. Г. Медведев, А. П. Кучинский, В. Н. Четвериков, H. Н. Булгаков и другие.
Я. Н. Афанасьев активно участвовал в международной деятельности. Выезжал в Чехословакию и Польшу, участвовал в международных конгрессах почвоведов в Вашингтоне (1927) и Ленинграде (1930).
Научный доклад «Классификационная проблема в русском почвоведении» на I Международном конгрессе почвоведов в Вашингтоне (1927) и выступление «Основные черты почвенного лика земли» сопровождалось демонстрацией почвенной карты мира и рисунками почв СССР. Цветные почвенные разрезы Беларуси были удостоены на конгрессе золотой медали. Монография «Асноуныя рысы глебавага твару зямлi» вышла в 1931 г. на трех языках.
В 1930-е годы под руководством Я. Н. Афанасьева была составлена сводная почвенная карта Беларуси в десятиверстном масштабе (в границах до 1939). Наркомзем и Госплан БССР широко использовали ее при районировании территории республики, установлении специальных культур, распределении удобрений и для других экономических целей. Кроме того, была подготовлена карта эффективности использования удобрений в республике под основные сельхозяйственные культуры.
В 1937 г. ученый был необоснованно репрессирован.
Я. Н. Афанасьев выдвинул ряд интересных новаторских идей. Стал основоположником учения о биологическом и минеральном происхождении заболоченных почв и необходимости различных подходов к мелиорации. Спустя десятилетия эти афанасьевские идеи вернулись в страну под именами иностранных ученых.
В своих исследованиях Я. Н. Афанасьев большое внимание уделял решению практических вопросов развития сельскохозяйственного производства Пользовался огромным авторитетом у коллег-ученых Был постоянным членом оргкомитетов по созыву съездов и конференций по почвоведению, куратором всесоюзной секции по классификации почв.
В г. Горки на здании корпуса № 3 Белорусской государственной сельскохозяйственной академии установлена мемориальная доска в честь ученого.
Никольский Николай Михайлович (13.11.1877-19.11.1959)
Историк. Академик (1931), член-корреспондент АН СССР (1946), доктор исторических наук