Тем временем Екатерина Пар забеременела от своего мужа. В сентябре она умерла при родах в возрасте тридцати шести лет. Ребенок родился мертвым.
Овдовев, Томас Сеймур с новой энергией обратился к своему давнему намерению – жениться на Елизавете. Он предложил ей переехать в его дом в Лондоне, настойчиво добивался разрешения Елизаветы навестить ее в Хэтфилде. Однако придворные дамы убедили ее, что это будет в высшей степени неразумно с ее стороны. И так уже ходили слухи о том, что вскоре она и лорд-адмирал сочетаются браком. Однажды казначей Елизаветы Томас Перри спросил у нее, намерена ли она выйти замуж за Томаса Сеймура, если Королевский совет разрешит ей такой брак. Елизавета отказалась отвечать на этот вопрос.
Развязка наступила неожиданно. 17 января 1549 года лорд-адмирал Сеймур был арестован по приказу своего брата лорда-протектора. Его обвиняли в государственной измене, в том, что он намеревался свергнуть лорда-протектора и Тайный совет и подчинить себе малолетнего короля Эдуарда. Одно из тридцати трех обвинений гласило, что Томас Сеймур собирался жениться на Елизавете «с тайной и коварной целью, что угрожало жизни Его Королевского Величества». Лорда-адмирала бросили в Тауэр, а Елизавету подвергли домашнему аресту в Хэтфилде. Лорд-протектор послал туда сэра Хабриуса допрашивать ее. В Тауэре оказались и приближенная Елизаветы Кэт Эшли, и ее казначей Перри.
Елизавета оказалась в весьма затруднительном положении. Она не хотела говорить ничего, что могло бы подкрепить обвинение против Сеймура и его слуг или против нее самой. Но она понимала, что если будет упорно отказываться отвечать на вопросы, это вызовет подозрения и ее могут обвинить в неуважении к королю, лорду-протектору и Королевскому совету. Когда сэр Байруит сообщил ей, что Кэт Эшли и Перри находятся в Тауэре, она была потрясена и долго плакала, но ничего ему не сказала.
Байруит предупредил Елизавету, что она может поставить себя в весьма опасное положение. А если она во всем признается, лорд-протектор отнесется к ней снисходительно, принимая во внимание ее молодость. Байруит пытался очернить Кэт Эшли и подталкивал Елизавету к тому, чтобы та ради собственного спасения свалила всю вину на свою приближенную, но она не пошла на это. Байруит писал лорду-протектору: «Она ни за что не даст никаких показаний против миссис Эшли или своего казначея в том, что касается лорда-адмирала, и тем не менее я вижу по ее лицу, что она виновата».
На втором допросе Байруит решил прибегнуть к более мягким методам воздействия и понял, что это приносит больше результатов, особенно когда он сказал Елизавете, что Кэт Эшли выпустили из Тауэра и она находится под домашним арестом