Тем временем Уайет во главе семи тысяч своих сторонников двинулся на столицу. Он предпринял штурм Ладгейских ворот Лондона, но безуспешно. Он был разбит, захвачен и заключен в тюрьму.
Положение Елизаветы становилось крайне опасным. Восстание Уайета показало Марии, насколько прав был Карл V, советуя ей беспощадно расправиться с мятежниками. В течение недели Джейн Грей, ее муж и ее отец были обезглавлены. Император также советовал Марии заключить Елизавету в Тауэр.
В середине февраля врачи, присланные Марией, сообщили ей, что Елизавета выздоровела настолько, что может ехать ко двору. День, когда принцессу Елизавету отвезли в Лондон, описал Ренар: «Леди Елизавета приехала сюда вчера, одетая во все белое, окруженная большим количеством людей королевы Марии, помимо ее сопровождающих. Она приказала раздвинуть шторы паланкина, в котором ее везли, чтобы народ мог увидеть ее. Лицо принцессы было бледным и напряженным, гордым, неприступным и презрительным – так она старалась скрыть свое волнение».
Елизавету везли сквозь молчащую толпу, глазевшую на нее, как и на ее мать в тот день, когда баржа доставила Анну Болейн в Тауэр, после чего ее больше никто не видел.
Кортеж миновал Смитфилд, где скоро запылают костры, на которых будут сжигать протестантов, спустился по Флит-стрит, проследовал к Уайтхоллу и втянулся во дворец. Королева Мария отказалась принять Елизавету.
Смерть была совсем рядом, заглядывала ей в глаза.
В Лондоне Елизавету около месяца держали в комнатах в Вестминстерском дворце, пока Мария и ее советчики решали, что с ней делать дальше. В конце концов было принято решение заточить ее в Тауэр. Мария приказала, чтобы Елизавету перевезли в Тауэр по Темзе, в барже. Она опасалась, что если Елизавету повезут по лондонским улицам, то ее сторонники-протестанты попытаются отбить ее.
Дождливым днем 17 марта 1554 года, в Вербное воскресенье, Елизавету высадили с баржи у ворот Тауэра, которые впоследствии получили название «Ворота предателей», а тогда именовались просто «уотергейт», водные ворота.
Елизавета поскользнулась на мокрых ступенях, ноги ее оказались в холодной воде Темзы, она присела на мокрый от дождя камень. Комендант Тауэра сэр Джон Бриджес сказал ей: «Мадам, вы бы лучше укрылись от дождя, а то вы можете простудиться». – «Лучше сидеть здесь, чем в гораздо худшем месте, – отозвалась Елизавета. – Видит Бог, я не знаю, куда вы ведете меня».
Два месяца провела Елизавета в Тауэре, каждый день ожидая, что ее повезут на казнь. Ей было категорически запрещено общаться с внешним миром и с другими заключенными Тауэра.
Два томительных месяца королева Мария и ее ближайшие советники Гардинер и Ренар решали судьбу Елизаветы. Ренар, выполняя волю императора Карла V, требовал казни Елизаветы. Но Мария понимала, что у них на руках нет никаких реальных доказательств