Но… 3 марта подписывается сепаратный Брест-Литовский договор и войска Германии и Австро-Венгрии двинулись в пределы Украины, Белоруссии, Прибалтики. Трем полкам корпуса пришлось принять участие вместе с красногвардейскими отрядами в боях за железнодорожный узел Бахмач. Для германцев это было полной неожиданностью, и они заключили с противной стороной перемирие на три дня. Гайда в тех боях не участвовал.
В первый же день перемирия легионеры погрузились в воинские эшелоны и двинулись от Бахмача на восток. Когда они с украинской территории прибыли в РСФСР, стал решаться вопрос о их дальнейшем следовании во Владивосток. Совет Народных Комиссаров разрешил движение эшелонов (каждый до тысячи человек) при условии его разоружения: на эшелон оставлялось 100 винтовок и один пулемет. Это условие вызвало резкое недовольство легионеров, как людей военных: они поняли, что их разоружают, и последствия этого радужными не виделись.
Среди русских офицеров корпуса по требованию Совнаркома была проведена «чистка». 28 марта Гайда, фактически не имевший должности, принял командование 7-м Чешско-Словацким Татранским полком, который остался без полкового командира.
26-летний Радола Гайда обладал несомненным ораторским искусством, имел фронтовой опыт (пусть и младшим командиром санитаров). Он поражал окружающих верой в скорую независимость государства братских народов чехов и словаков, то есть славянских Чехии, Моравии и Словакии. На митингах умел влиять на солдатскую аудиторию, мог принять решительные действия, не раз демонстрировал личное бесстрашие.
То есть в условиях развала Русского фронта и начала Гражданской войны в России Гайда демонстрировал лидерские качества, что и сказалось на его стремительном служебном росте в рядах Чешско-Словацкого корпуса. Впрочем, под стать ему в условиях Гражданской войны в России сделали блестящую военную карьеру такие молодые чешские офицеры, как Я. Сыровой и С. Чечек.
Легионеры сдавали тяжелое вооружение (орудия и пулеметы), боеприпасы и военное снаряжение при проезде через Пензу. Часть винтовок они смогли утаить: легионеры понимали, что им предстоял проезд по стране, в которой уже шла Гражданская война. Всего в корпусе насчитывалось 35 300 человек (в своем большинстве безоружных), которые образовали 63 железнодорожных эшелона.
К маю первые 12 эшелонов прибыли во Владивосток. Остальные растянулись по железной дороге на 7000 километров от Ртищева под Пензой до Иркутска. Движение эшелонов замедлялось, а потом совсем прекратилось: Совнарком предложил ЧСНС отправить весь корпус не через Владивосток, а через Архангельск и Мурманск. Начались переговоры. Местные Советы в городах Транссибирской железнодорожной магистрали, где остановились эшелоны, стали требовать полной сдачи оружия.
Такие требования выглядели «странными», поскольку с этим оружием советская власть в Самаре, Челябинске, Петропавловске, Красноярске