После переформирования Добровольческой армии в марте 1918 года стал командиром ее 2-й бригады. Она состояла из двух полков – Корниловского ударного и Партизанского, 2-й артиллерийской батареи. После неудачного штурма Екатеринодара и гибели Л. Г. Корнилова новый командующий белой армией генерал-лейтенант А. И. Деникин увел добровольцев с Кубани обратно на Дон. Вскоре там, в южных станицах вспыхнуло восстание против советской власти.
Для белых добровольцев, в которых постепенно стала угасать вера в успех начатого Белого дела, эта весть стала «светлым лучом». Впоследствии генерал Богаевский на одном из заседаний Большого войскового круга скажет: «Я никогда не забуду того счастливого момента, когда семнадцать казаков Егорлыцкой станицы принесли весть, что казаки-донцы поднялись».
С мая 1918 года авторитетный на Дону Богаевский стал у нового войскового атамана П. Н. Краснова председателем Донского правительства (управляющий Отделом иностранных дел и председатель Совета управляющих отделов). Занимался вопросами не только гражданского управления Областью войска Донского, но и обеспечением всем необходимым формирующейся Донской белоказачьей армии.
Богаевский продолжал оставаться сторонником «ориентации на верхи Добровольческой армии». То есть при атамане Краснове, известном идеологе казачьего сепаратизма и «германофильства», продолжал убежденно выступать за организационное единение всех сил Белого дела на Юге России.
28 мая Африкану Петровичу Богаевскому присваивается звание генерал-лейтенанта Генерального штаба. В январе 1919 года он назначается Деникиным председателем Южно-Русского правительства. Пребывание на этом посту оказалось недолгим.
Неудачи на фронте привели к уходу Краснова с атаманства: такое решение принималось небольшим большинством голосов в «донском парламенте». В феврале 1919 года новым войсковым атаманом всевеликого войска Донского экстренно собранный Большой круг избрал генерал-лейтенанта А. П. Богаевского.
Атаманские обязанности не позволяли Богаевскому стать участником тех событий на Южном фронте, которые после провала деникинского наступления на Москву привели к разгрому белых войск на Юге России. Лично Богаевский Донской белоказачьей армией не командовал, делая все от него возможное для ее усиления и сохранения боеспособности. 5 февраля им был подписан следующий приказ:
«…С согласия главнокомандующего вооруженными силами на Юге России генерал-лейтенанта Деникина, командующим Донской армией назначается генерального штаба генерал Сидорин Владимир.
Начальником штаба Донской армии назначается генерального штаба генерал-лейтенант Кельчевский Анатолий…»
Избрание А. П. Богаевского войсковым атаманом не вызвало в донских кругах, скажем прямо, всеобщего одобрения. У него были многочисленные противники из числа сторонников генерала Краснова,