Однако главным заданием, полученным Джоном Ли, было убедить наиболее влиятельных людей среди эмигрантов просить прощения у Елизаветы и вернуться на родину. Разумеется, это все не могло прийтись по вкусу испанским властям, которые, по мнению самого Ли, были поставлены в известность о его усилиях женой того же доктора Стори. В октябре 1572 г. разведчик был схвачен, но успел в последний момент перед арестом уничтожить наиболее компрометирующие бумаги. В апреле 1573 г. Ли предстал перед судом, в качестве доказательства его шпионских занятий фигурировали копии писем к Берли. Английское правительство проявило на этот раз большое рвение, чтобы спасти своего агента, воспользовавшись благоприятным поворотом в отношениях с Испанией. Лейстер написал личное письмо герцогу Альбе, в результате чего Ли был освобожден. Дальнейшая судьба разведчика неизвестна – молчание архивов может означать, что Берли потерял интерес к своему агенту после его разоблачения. Не исключено, что в последующие годы Ли фигурировал в секретных бумагах под вымышленным именем.
Действия своей агентуры Берли дополнял установлением личной переписки с графом Уэстморлендом, лордом Генри Морли, Фрэнсисом Энглфилдом, Томасом Копли, с помощью которой и отдельных услуг хитроумный министр Елизаветы пытался убедить своих корреспондентов, что он их лучший друг среди приближенных королевы.
Этим отнюдь не ограничивалась активность английской разведки. Восстановление внешне нормальных, если не дружественных, отношений с Испанией очень затрудняло связи Англии с голландцами. Были отозваны английские добровольцы, сражавшиеся на стороне гёзов. Елизавета даже обещала, что, если Альба вышлет английских эмигрантов, она прикажет голландским «мятежникам» покинуть Англию. Королева неоднократно предлагала свое посредничество с целью добиться прекращения вооруженной борьбы в Нидерландах, соглашаясь на восстановление там власти Филиппа II при условии признания им старинных вольностей этой страны. Аналогичное посредничество германского императора привело к созыву конференции в Бреда (март 1575 г.), которая окончилась неудачей и вряд ли могла завершиться иначе, а от английских услуг испанские власти вообще вежливо отказались. Война продолжалась, и положение повстанцев, казалось, становилось критическим. Поэтому в случае отказа Елизаветы от помощи восставшим возникла почти в равной степени неприятная для Англии перспектива – либо установление абсолютной власти Филиппа II над всеми Нидерландами, либо призыв голландцами на