Трокмортон, Киллигрю и ряд других английских агентов деятельно участвовали в подготовке широкого заговора французских протестантов. Вернувшись в Лондон в конце февраля 1560 г., Киллигрю мог доложить о предстоящих важных событиях во Франции. Речь шла о знаменитом Амбуазском заговоре, в котором глава протестантов принц Конде ставил цель захватить короля Франциска II и лидеров католической партии Гизов. Главным организатором заговора был Жан Дю Бари де ла Реноди, который выполнял поручения не только Конде, но и английской разведки.
Заговор был очень опасным для Гизов, но его не удалось сохранить в тайне. О нем узнали, в частности, лазутчики герцога Савойского и кардинала Гранвеллы, испанского наместника в Нидерландах, поспешившие известить обо всем Гизов. Информация, хотя и довольно неточная, просочилась к Гизам и по другим каналам. Из попытки захватить двор врасплох в Амбуазе ничего не вышло, и протестантский заговор потерпел полную неудачу.
В декабре 1560 г. умер Франциск II. Мария Стюарт перестала быть царствующей королевой Франции и вскоре уехала в Шотландию. Гизы потеряли контроль над французской политикой. Вступление на престол брата умершего короля, Карла IX, фактически передало бразды правления в руки его матери Екатерины Медичи, которая в это время стремилась предотвратить открытую войну между католиками и гугенотами. Сэр Николас Трокмортон придерживался прямо противоположного мнения насчет желательного направления развития событий во Франции. К этому времени он успел создать прочную разведывательную организацию и мог посылать Сесилу подробные отчеты о малейших изменениях французской политики. Екатерина Медичи со своей стороны установила постоянную слежку за британским дипломатом.
События вскоре пошли как раз по руслу, по которому их стремился направить Трокмортон, хотя в том не было его особой заслуги. Убийства гугенотов в Васси и в других местах по наущению Гизов послужили в 1562 г. сигналом к началу первой из ряда религиозных войн, растянувшихся на полстолетия. Гугеноты взялись за оружие, их силы во главе с адмиралом Шатийоном и Конде сосредоточились в Орлеане. И там же очутился британский посол с немалым количеством золота. Сэр Николас видел в гражданской войне во Франции не только средство вернуть Кале. Трокмортон думал о большем. Он писал Сесилу, что при умелом ведении дел Елизавета «будет в состоянии стать арбитром и правителем христианского мира» вместо испанского короля.
Правительство Елизаветы предполагало побудить гугенотов уступить Англии Гавр и Дьеп как плату за военную помощь. Эти города могли быть потом обменяны на Кале. В Лондоне учитывали стратегическое значение Дьепа и особенно Гавра, а также занятого гугенотами Руана. Гавр и Руан были ключами к Парижу, так как контролировали