После раскрытия заговора герцога Норфолка Елизавета формально заявила, что она не могла бы прожить спокойно ни единого часа, если бы Мария Стюарт снова вступила на престол, и что теперь она приняла твердое решение никогда больше не возвращать ей свободы. Протестантское духовенство доказывало, что смертная казнь шотландской королевы была бы справедлива; законоведы, со своей стороны, доказывали ее законность. Обе палаты парламента хотели предать Марию Стюарт суду; однако Елизавета воспротивилась этому. Чтобы избавить царственную пленницу от преследований подобного рода, парламент был распущен, и правительство удовольствовалось тем, что решило запугать шотландскую королеву подобием обвинения.
Ее подвергли допросу. Она отвечала осторожно, утверждая, что не питала никаких враждебных намерений против Елизаветы, когда задумала вступить в брак с Норфолком, а, посылая Ридольфи к папе Пию V и Филиппу II, имела в виду только освобождение Шотландии. Елизавета, которая нашла ее объяснения неудовлетворительными, не хотела затевать судебный процесс, но после кровопролития Варфоломеевской ночи стала все же помышлять о том, как бы избавиться от Марии. План, начертанный ею с этой целью при помощи Берлея и Лестера, должен был осуществиться в Шотландии, и его доверили одному из самых ловких агентов. В Шотландию отправился Генрих Киллегрю, зять Берлея, с двумя поручениями, одно из которых было явным, а другое тайным. Первое заключалось в том, чтобы привести к окончательному примирению враждующие политические партии, второе – чтобы уговориться с графом Мортоном относительно смерти Марии Стюарт.
Киллегрю должен был дать понять союзникам Елизаветы, что ради общей безопасности Мария Стюарт не может оставаться в живых, но что ее неудобно судить в Англии, а лучше отделаться от нее в Шотландии. С этой целью шотландцы должны были бы потребовать к себе пленную Марию, которая и будет выдана им Елизаветой.
Киллегрю встретил в Шотландии также крайнее волнение по поводу Варфоломеевской ночи. Престарелый Нокс, удалившийся в Сент-Эндрю, снова вернулся в Эдинбург. Хотя вследствие апоплексического удара у него отнялась половина тела, он все же приказал внести себя на кафедру и, будучи терзаем страданиями и разгорячен гневом, громил убийц его протестантских братьев во Франции. Нокс со своими учениками много способствовал тому, что давнишний союз Шотландии с Францией стал делаться все непопулярнее.
Киллегрю воспользовался этим для своих целей; ему удалось убедить графа Мортона в необходимости казни Марии Стюарт; но регент Mappa не так легко поддался убеждениям.
В это же время Киллегрю при поддержке Нокса все более и более вооружал народ против католиков и имел многократные