Энергичный моряк не удовольствовался тщательным исполнением поручения. В письмах к Петру он предлагал иметь постоянного представителя в Париже (вскоре таковым был назначен И. Лефорт), считал необходимым обучать за границей юриспруденции офицеров, назначаемых для работы в Адмиралтейств-коллегии. Еще пример: брату Василию Конон Зотов написал из Парижа о важности должности генерал-ревизора во Франции. Содержание письма стало известно Петру I и послужило основанием для введения в России столь важного поста, как генерал-прокурор.
Еще одной из обязанностей Конона Зотова во время его второй заграничной командировки было руководство и контроль за всеми обучающимися в Европе нашими гардемаринами. К этому делу, как и ко всем остальным поручениям, Зотов относился очень серьезно и ответственно. Уже распределяя гардемаринов на службу в иностранных флотах, капитан-поручик был поражён нищетой, в которой жили молодые люди, не имевшие богатых родителей. В Париже он раздал им всё, что имел из одежды, и возмущённо писал на родину, что «…легче было бы видеть их смерть, нежели такую срамоту нашему отечеству, и лучше было бы их перебить как поросят, нежели ими срамиться и их здесь с голоду морить…»
Следил Зотов и за моральным обликом наших гардемаринов. Из письма Конона царю из Франции: «Господин маршал д’Этре призывал меня к себе и выговаривал мне о срамотных поступках наших гардемаринов в Тулоне: дерутся часто между собою и бранятся такою бранью, что последний человек здесь того не сделает. Того ради отобрали у них шпаги». Немногим позже новое письмо: «Гардемарин Глебов поколол шпагою гардемарина Барятинскаго и за то за арестом обретается. Господин вице-адмирал не знает, как их приказать содержать, ибо у них (французов) таких случаев никогда не бывает, хотя и колются, только честно, на поединках, лицом к лицу».
Особенно же ценной для России была деятельность Зотова как наиболее подготовленного военно-морского разведчика. Петра очень волновали военные приготовления Турции, и Конон под видом торгового человека отправился на купеческом судне в Константинополь, где собрал все необходимые сведения, а также произвел съемку крепостей и гаваней.
Заведя необходимые знакомства, Конон занялся дипломатической работой. Здесь первому «охотнику» доводилось особенно нелегко: он боролся не только с чужими, но и со своими. Чего стоило одолеть находившегося во Франции Лефорта (племянника знаменитого сподвижника Петра), который добивался подчинения всей русской торговли одной из влиятельных французских торговых компаний. Независимость отечественной торговли удалось отстоять, но неугомонный Зотов нажил себе немало врагов в России. Сдержанный в эмоциях, все обиды он хранил в себе. И лишь иногда, когда терпеть оскорбления и несправедливость