Наконец, посмертные слухи вокруг последних дней и даже месяцев жизни самого основателя Советского Союза Владимира Ильича Ленина тоже отчасти касаются деятельности службы Дзержинского. Впрямую наследников уже тяжелобольного вождя революции в его ликвидации почти никто не обвинял, даже с учетом каких-то упоминаний Сталина на Политбюро о просьбе мучающегося Ильича дать ему яд для добровольного ухода из жизни. Сталин тогда, после вынесения этого жуткого вопроса на решение партийного руководства, окруженному врачами и изолированному в Горках Ленину отказал, наиболее подозрительные исследователи намекают: не готовил ли Иосиф Виссарионович себе алиби на случай надобности ускорить уход из жизни своего знаменитого предшественника и побыстрее прибрать всю власть в СССР к рукам. Впервые на возможность тайного отравления Ленина в Горках ГПУ по указке Сталина или о том, что Владимира Ильича могли просто «залечить» неправильными лекарствами те же завербованные ГПУ врачи, намекал еще Троцкий после своего изгнания из СССР, были и позднее такие версии, хотя и не нашли никаких доказательств.
Гораздо больше всплывает доказательств того, что в последний год жизни Ленина кроме затяжной болезни от участия в руководстве страной почти умышленно изолировали его наследники, ссылаясь при этом на требования врачей и, разумеется, используя специфические ресурсы ГПУ. По крайней мере, эта тема проходила в воспоминаниях и Крупской, и ленинских секретарей. Мучившийся от политической изоляции Ленин будто бы дважды напрямую обращался к Дзержинскому с жалобами на это искусственное ограничение его свободы, но Дзержинский оба раза сообщал об этих просьбах Сталину, и кольцо изоляции вокруг уже обреченного пациента в Горках только еще крепче сжималось.
Исследователь советских спецслужб Юрий Фельштинский в свое время излагал версию, что даже все секретарши Ленина, которым он до последнего дня пытался что-то диктовать (Фотиева, Володичева, Гляссер и др.), были с 1922 года завербованы ГПУ и большую часть ленинских записок передавали через эту службу лично Сталину. Хотя Фельштинский и полагал, что здесь такой приказ Сталина выполнял зампред ГПУ Ягода, уже тогда явно ставший человеком Сталина