Ему был двадцать один год, когда он, вернувшись в родной Омск из Петербурга, где в качестве вольнослушателя прошел университетский курс, прочел свою знаменитую лекцию, напечатанную вскоре в Томске, призвав сибиряков построить университет на собственные средства, если казна в них отказывает. Вскоре он был арестован. Три года содержался в омской тюрьме, а потом был на шесть лет сослан в Архангельскую губернию – «Сибирь» для неугодных властям сибиряков. За что же? Вместе со своими единомышленниками-земляками он, убедившись, что царские власти отказывают в действенном внимании его родине, пришел к сомнительной идее сибирского сепаратизма. А сразу же по возвращении из ссылки составляет доклад царю, где вновь доказывает необходимость открытия университета в Сибири. Он писал, в частности, что большинство молодых сибиряков, получив образование в европейской России, там и находят приложение своим знаниям, в то время как «Сибирь не менее, если не более, нуждается в полезных деятелях, без которых ее производственные средства, связанные с естественными богатствами, остаются неиспользованными».
И снова публичные лекции, организационная работа по объединению всех энтузиастов, сбор пожертвований, снова статьи, в которых Ядринцева сообщал, что сибиряки уже собрали для университет полмиллиона рублей. Так и не пробив петербургских каменных стен чиновничьего равнодушия, с горечью написал: «Может быть, нам не удастся дожить до основания великого образовательного учреждения на Востоке. Пусть глаза наши будут засыпаны песком, но наше сердце горячо билось надеждами. Пусть не обвиняют все поколение, что оно не имело возвышенных стремлений. Родина вспоминает всех, кто ратовал за ее просвещение и идею науки на Востоке…»
Первый сибирский университет был открыт лишь спустя двадцать пять лет после знаменитой омской лекции Николая Ядринцева.
Много лет Николай Ядринцев ездит по родному краю, дотошно изучает его природные богатства и экономику, быт и нравы земляков, освещая в печати самые темные сибирские уголки. Страстные публицистические работы Ядринцева печатаются в «Отечественных записках», «Деле», «Вестнике Европы», «Русском богатстве, «Неделе», «Мире Божьем», в сибирской прессе и специальных научных сборниках. На полках читателей появляются его книги-исследования: «Русская община в тюрьме и ссылке», «Сибирские инородцы, их быт и современное положение», фундаментальный труд «Сибирь как колония». Подвижнический образ жизни и бескорыстное служение общественным интересам сделали его любимцем прогрессивной сибирской интеллигенции; современники рассказывали, что Николай Ядринцев вообще не был в состоянии поддерживать разговор, если он не касался гражданских тем! И мы, особенно сибиряки, обязаны знать о просветительской и общественной деятельности этого человека в условиях политической реакции, думать иногда