В 1899 году «в 4-й день сего января генерал-майору Чичагову Всемилостивейше повелено быть Военным губернатором Приморской области и Наказным атаманом Уссурийского казачьего войска, с оставлением его по Генеральному штабу…». Чем только не приходилось заниматься генералу: помогал во Владивостоке обустраиваться Восточному институту, заложил Кафедральный собор.
В 1900 году в Китае набрало силу Боксёрское восстание[20]. Возникла угроза безопасности дальневосточных окраин. Войска, расквартированные в Приморье, получили приказ выступить на защиту русских интересов в район строящейся Китайско-Восточной железной дороги. Под команду генерала Чичагова поступилирота пехоты, эскадрон драгун, около двух сотен казаков и взвод горной артиллерии. Военные вошли в китайский город Нингута. Николай Михайлович действовал решительно, но ставил единственной своей задачей умиротворить мятежные шайки боксёров и хунхузов до полного их изгнания из района КВЖД, не позволяя при этом никаких грабежей и уничтожения фанз и имущества мирных жителей. И население оценило его благородство: в знак особой признательности в феврале 1901 года жители Нингуты воздвигли в своём городе памятник генералу. Более того, копия памятника впоследствии была отправлена во Владивосток с текстом: «Горы, степь и город были объяты огнём, старцы и матери с грудными детьми спешили укрыться, но в пути от сильного напора бежавшей толпы не было возможности отличить хороших людей от дурных. Как маньчжуры, так и китайцы искали спокойствия, возможности прекратить кровопролитие и восстановить по-прежнему в городе порядок. В это время не только проявились искренность и чистосердечность генерала Чи, но и забота об умиротворении и восстановлении спокойствия. Он в самом начале со свойственным воинственным видом выказал свою силу и храбрость, подобно грому, а затем осыпал благодеяниями, подобно дождю или росе, увлажняющим землю. Уничтожал разбойников, давая этим жителям спокойно заниматься хозяйством. Дабы поднять благосостояние народа, им были открыты хлебозапасные магазины, из которых выдавался хлеб беднякам… Лица, страдающие болезнями, помещались им в больницу, где они и пользовались бесплатно. Помимо этого, он дал возможность отправить мальчиков для изучения грамоты. Всё, что ни встречается, напоминает о сделанных им благодеяниях, и народ, все до единого, за оказанные им благодеяния пожелал запечатлеть его заслуги на памятнике, считая за великое счастье пребывание в Нингуте столь великодушного старца, обладающего крепким телосложением и человеколюбием…». Ныне каменная плита находится у здания Приморского государственного объединённого музея имени В.К. Арсеньева по улице Петра Великого, 6.
В январе 1903 года генерал-лейтенанта Чичагова назначили командующим Особого Заамурского округа Отдельного корпуса пограничной стражи.