А еще он уловил, что начатая Вторая мировая война покорением Польши, Франции и других европейских государств не закончится, а поэтому надо готовиться к схватке с вермахтом Германии и ее опытными спецслужбами на территории Советского Союза.
Конкретные наработки по борьбе с агентурой противника Михеев оставил в Киеве своему сменщику, начальнику Особого отдела НКВД, старшему майору госбезопасности Николаю Алексеевичу Якунчикову, с которым Анатолий Николаевич практически каждый день созванивался по телефону, контролируя ход тех или иных оперативных разработок, проверок или сигналов. Многие материалы Михееву были хорошо знакомы еще при службе в Киеве. Он живо интересовался судьбой и содержанием работы глубоко внедренного в абвер через националистическую среду ОУН агента Цыгана. Практически Анатолий Николаевич вел его от одной операции к другой.
Снабжение негласного сотрудника дезинформационными материалами, санкционированными руководством КОВО и Генштаба НКО СССР, отработка легенды прикрытия, обеспечение безопасного перехода через госграницу – все эти вопросы держал на особом контроле глава военной контрразведки.
В течение сорокового и до середины сорок первого годов армейские чекисты Киевского особого военного округа провели десятки операций по разоблачению немецкой агентуры из числа националистически настроенных местных жителей западных областей Украины. Особенно масштабным было дело групповой оперативной разработки под кодовым названием «Выдвиженцы», по которому проходили не только завербованные и разоблаченные агенты абвера, но и лица, участвующие в подготовке в разведшколах Германии и Польши всякого рода лазутчиков в виде шпионов, диверсантов и террористов.
Прибыв к новому месту службы на Лубянку, Михеев был доволен, что судьба ему позволила снова работать с благожелательно настроенным к работе чекиста военачальником, ставшим маршалом Советского Союза в должности наркома обороны СССР Семеном Константиновичем Тимошенко. В то же время среди полководцев Великой Отечественной войны трудно было найти более противоречивую фигуру, чем этот маршал.
Одни говорят, что в момент вторжения гитлеровских войск нарком обороны СССР приложил максимум усилий для того, чтобы отразить удар вермахта и сорвать планы немецкого блицкрига. Другие упрекают его за грубейшие ошибки, которые привели к огромным человеческим жертвам и крупным военным катастрофам на фронтах – в Киевской, Смоленской и Харьковской операциях.
Не потому ли у Тимошенко нет «Золотой Звезды» Героя Советского Союза за персональное руководство сражением в Великой Отечественной войне, а орден «Победа» был вручен ему не за боевые действия на фронтах, а с такой интерпретацией: «за планирование боевых операций и координацию действий фронтов». Наверное, Сталин знал, кого и как награждать.
Второй медалью «Золотая Звезда» маршала Советского Союза Тимошенко наградили в 1965 году в день его 70-летия