Неблагоприятно для ДУМЕС складывалась ситуация и в других проблемных регионах. Саратовский мухтасиб Мукаддас Бибарсов удержал контроль над всеми общинами Саратовской области, заметной частью пензенских махалля и отдельными волгоградскими общинами, что позволило ему создать ДУМ Саратовской, Волгоградской и Пензенской областей, известное также под названием Межрегионального ДУМ Среднего Поволжья. Его сибирский коллега Галимзян Бикмуллин сумел оперативно создать ДУМ Сибири (Тюменский муфтият), в который, правда, вошли только немногочисленные махалля Тюменской области. К этому же времени относится и возникновение независимого ДУМ Республики Крым, которое стало формироваться сразу же после распада СССР.
30 сентября на встрече глав и представителей ДУМ РТ, ДУМ РБ, Межрегионального ДУМ Саратовской, Пензенской и Волгоградской областей, ДУМ Тюменской области, ДУМ Крыма и ряда других централизованных мусульманских организаций было принято решение о создании Координационного совета глав региональных духовных управлений мусульман Европейской части бывшего СССР и Сибири, призванного объединить всех оппонентов ДУМЕС. Инициаторами этой встречи выступили татарстанский муфтий Габдулла Галиуллин и первый заместитель муфтия Башкортостана Нафик Аширов, понимавшие насущную необходимость создания альтернативной ДУМЕС всероссийской мусульманской структуры, могущей оспорить сохраняющуюся монополию Талгата Таджуддина на контакты с федеральной властью и международными исламскими организациями109.
21 октября 1992 года в Казани прошел первый съезд Координационного совета глав региональных духовных управлений мусульман Европейской части бывшего СССР и Сибири, по решению которого он был переименован в Высший координационный центр духовных управлений мусульман России (ВКЦДУМР). На съезде был принят устав новой организации и проведены выборы ее председателя, которым стал муфтий ДУМ Республики Татарстан Габдулла Галиуллин, в 1994 году получивший титул «Верховного муфтия России». Главный вдохновитель раскола ДУМЕС Нафик Аширов, к этому моменту сменивший имя на Нафигуллу, возглавил исполнительный комитет ВКЦДУМР.
Зоной юрисдикции новой организации была объявлена вся Россия и европейские страны СНГ. 22 февраля 1993 года ВКЦДУМР прошел регистрацию в Минюсте, после чего в период с 15 августа 1993 года по 11 декабря 1994 года в него вошли Межрегиональное ДУМ Среднего Поволжья (Межрегиональное ДУМ Саратовской, Пензенской и Волгоградской областей), ДУМ РБ, ДУМ РТ, ДУМ Сибири (ДУМ Тюменской области), ДУМ стран Балтии, Духовный центр мусульман Республики Ингушетия, ДУМ Кабардино-Балкарской Республики, ДУМ Беларуси, ДУМ