Оның ғылыми-педагогикалық жұмысы Мәскеуде аспирантурада оқып жүргенде басталған. 1953-1970 жылдарда У.Х. Шәлекенов Өзбекстан Ғылым академиясы Қарақалпақстан филиалы Археология және этнография секторының меңгерушісі болған. 1967 жылы «Казахи низовьев Амударьи (К истории взаимоотношений народов Каракалпакстана в XVII – ХХ вв.)» тақырыбындағы монографиясы бойынша докторлық диссертация қорғаған. У.Х. Шәлекенов – аға ғылыми қызметкер (1956 ж.), доцент (1959 ж.), профессор (1972 ж.) қызмет сатыларынан өткен.
Ол Қарақалпақстанда өзімен бірге оқыған, жұмыс істеген достары академиктер С.К. Камаловты, М.К. Нұрмұхамедовты, Ж. Базарбаевты және профессорлар Р.К. Косбергеновты, Д.С. Насыровты аса құрметпен еске алып, оларды біртуар, адал дос, ғылымға берілген, еңбексүйгіш азаматтар екенін жиі-жиі айтып отырады.
Уахит Хамзаұлы Шәлекенов Академик Сабыр Камаловты Ұлы Отан соғысында бірге болған, университетте, аспирантурада қатар оқып, Өзбек КСР Ғылым академиясының Қарақалпақстан филиалында бірге жұмыс істеген досын айрықша құрметтейді.
Қарақалпақстан филиалында жұмыс істеген жылдарында Уахит Хамзаұлы Шәлекенов археологиялық және этнографиялық экспедицияларға қатысып, өзі экспедиция басқарған. Оның ғылыми зерттеулері Орталық Азия халықтарының тарихы, этнологиясы және археологиясы бойынша бұрын-соңды зерттелмеген өзекті мәселеге арналған. ХХ ғасырдың 50-жылдары басында КСРО Ғылым Академиясы Н.Н. Миклухо-Маклай атындағы этнография институтында «Кеңес Одағындағы ауылшаруашылық еңбекшілерінің тұрмысы мен мәдениетінің өзгерісі» тақырыбында арнайы бағдарлама жасалып, ғылымға беймәлім болған тақырып бойынша кең көлемде зерттеу жұмыстары басталған. Осы өзекті мәселеге арналған У.Х. Шәлекеновтің «Быт каракалпакского крестьянства Чимбайского района в прошлом и настоящем» атты кандидаттық диссертациясы 1958 жылы «Труды Хорезмской экспедиции АН СССР» деген еңбектің ІІІ томында (270-370 беттер) жарияланды. Еңбекте Қарақалпақстанды мекендеген көпұлтты ауыл тұрғындарының тұрмысы мен мәдениетіндегі Кеңес үкіметі жылдарында болған өзгерістер жан-жақты көрсетілген. Хорезм экспедициясының осы томы Кеңес Одағы бойынша ауыл тұрғывдарыньщ тұрмысына арнап жазылған алғашқы этнографиялық жинақ болды.
ХХ ғ. 60-жылдарында Қарақалпақстан тарихшылары, Н.Н. Михлухо-Маклай атындағы Этнография институты және Өзбек КСР ҒА Тарих институты мамандарының қатысуымен «Очерки истории Каракалпакской АССР» атты еңбектің I, II томы жазылып, жарық көрді (1964 ж.). Бұл Қарақалпақ АССР-ның тарихы туралы жазылған тұңғыш еңбек болатын. Академик С.П. Толстовтың, профессор Т.А. Жданконың редакциясымен жарық көрген еңбектің ІІ томы Уахит Хамзаұлы Шәлекенов жазған төрт тарауында Қарақалпақстанды мекендеген халықтардың, соның ішінде қарақалпақ халқының тарихы, ұлттық тұрмысы мен мәдениеті туралы айтылған.
Өзбекстан Ғылым академиясының Қарақалпақстан